Просьба Тодорского была удовлетворена, и в августе 1924 года он выехал из Ташкента в Москву. Путевку в новую большую армейскую жизнь дал Тодорскому М. В. Фрунзе, который в то время был заместителем председателя Реввоенсовета СССР, начальником штаба Красной Армии и по совместительству начальником и комиссаром Военной академии РККА. Дело в том, что для поступления в академию нужно было сдать вступительные экзамены по целому ряду военных и общеобразовательных дисциплин, времени же на подготовку к ним у Тодорского почти не было. Тогда он решил обратиться к Фрунзе. Храня самую добрую память о Михаиле Васильевиче, вспоминал Тодорский, «я смело вошел в его кабинет. У него сидели хорошо знавшие меня С. М. Киров, Ш. З. Элиава и К. Е. Ворошилов. Фрунзе с живым интересом расспросил меня о туркестанских новостях – он знал там чуть не каждую тропку – и весьма сочувственно отнесся к моему намерению поступить в академию. Когда я высказал свои опасения, что вряд ли успею в столь короткий срок подготовиться к экзаменам, Михаил Васильевич предложил своим собеседникам неожиданный для меня выход:
– Как вы думаете? По военным предметам товарищ Тодорский уже сдал экзамены на фронте, а сдачу гражданских отсрочим до рождества. Возражений нет? Поздравляем с принятием в академию.
Так в течение каких-нибудь двадцати минут решился важный вопрос моей командирской жизни»[240].
В годы учебы Тодорского в академии в ее развитии наступил новый этап: были произведены важные организационные изменения в ее структуре, перестроена программа и методика обучения. Вся подготовка командиров Красной Армии строилась на основе использования опыта первой мировой и гражданской войн, с учетом изменений в вооружении и организации войск. Живое участие в улучшении методов преподавания принимали сами слушатели. Профессор тактики А. И. Готовцев писал в очерках истории академии, что многие слушатели, в том числе А. И. Тодорский, приносили преподавателям большую пользу, вели активную борьбу за улучшение методики преподавания[241].
Вскоре после поступления Тодорского в академию в ее партийной организации развернулась острая идейная борьба с троцкистами. Группа оппозиционеров, тесно связанная с Троцким, пыталась повести парторганизацию за собой. Однако коммунисты-ленинцы дали фракционерам решительный отпор. Много лет спустя, выступая перед личным составом Военной академии имени М. В. Фрунзе (имя Фрунзе было присвоено академии после смерти полководца), Тодорский говорил: «Никогда не забыть наших бурных партийных собраний, на которых мы распознавали за цветистыми фразами демагогов-оппортунистов враждебные антисоветские силы. Вместе со всей партией наша академическая партийная организация отстояла ленинизм, защитила идейное и организационное единство своих рядов»[242].
В конце 1925 года на общем партийном собрании академии, продолжавшемся три вечера, выступили многие члены и кандидаты в члены Политбюро ЦК РКП (б), члены ЦК партии. Шли исключительно горячие споры по актуальным вопросам внутрипартийной жизни[243]. Коммунисты осудили недостаточно четкую позицию центрального партийного бюро академии и переизбрали его. Секретарем нового состава партбюро стал слушатель 2-го курса основного факультета А. И. Тодорский.
15 января 1926 года центральное партийное бюро утвердило тезисы доклада Тодорского «О дальнейшем упорядочении партработы в ячейке академии». Основная задача коммунистов академии, подчеркивал Тодорский, «сделать нашу ячейку еще более сильной и сплоченной на основе правильного понимания ленинизма, повысить учебную дисциплину и академическую успеваемость, изжить отмеченные недостатки и в общем и целом поднять академию на достойную ее задач высоту»[244].
Центральное партийное бюро взяло под контроль учебу слушателей, добивалось повышения идейной зрелости, активности коммунистов, руководило деятельностью отделения военно-научного общества, партийно-политическим просвещением личного состава академии. Самое деятельное участие во всей этой работе принимал Тодорский, пользовавшийся большим авторитетом и уважением у слушателей и преподавателей. Он твердо и умело направлял работу партийного бюро академии на решение насущных задач. Когда выявились серьезные недостатки в преподавании предметов социально-экономического цикла, изучение которых было мало связано с жизнью армии, партбюро глубоко проанализировало состояние дел и приняло решительные меры по улучшению преподавания общественных дисциплин. Состав преподавателей был пополнен квалифицированными работниками, стойкими большевиками. В 1925/26 учебном году в академии была создана кафедра политической работы в армии. Изучение и практическое освоение курса партийно-политической работы в армии способствовало подготовке идейно зрелых красных командиров[245]. Для работы среди московских трудящихся партбюро ежегодно выделяло триста агитаторов и пропагандистов.