В мае 1918 г. в связи с преобразованием ГУГШ во Всероглавштаб отдел 2-го генерал-квартирмейстера был реорганизован в военно-статистический отдел оперативного управления, который возглавил А.В. Станиславский. Отдел ведал вопросами разведки и контрразведки, однако его работа без денежных средств и без агентуры в основном сводилась к составлению разведсводок. Разведывательное отделение возглавлял бывший полковник Н.Н. Шварц. По состоянию на конец мая 1918 г., по данным Станиславского, средства на разведку не отпускались с октября 1917 г.[1013] Станиславский сохранил прежние контакты с союзниками, развившиеся в условиях Гражданской войны в сотрудничество с врагами большевиков. Очевидно, сотрудничество военспецов с разведками стран Антанты в обстановке продолжавшейся мировой войны даже после Брестского мира не воспринималось как предательство и шпионаж. Следует отметить, что до некоторой степени это сотрудничество развивалось в интересах большевиков. Так, источником сведений для готовившихся отделом аналитических материалов были данные штабов завесы, сведения из Оперативного отдела Наркомата по военным делам и данные, передававшиеся французской военной миссией.
Если центральный аппарат военной разведки сравнительно благополучно пережил большевистский переворот и просуществовал без особых изменений до мая 1918 г., то местные аппараты разведки и контрразведки прекратили свое существование уже в связи с демобилизацией старой армии, агентурные сети из-за прекращения финансирования развалились, а агентура стала сотрудничать с иностранными разведками, платившими за работу. Многие русские военные агенты, опытные генштабисты, поддержали антибольшевистские силы и не признали советскую власть. Располагая денежными средствами, они, в отличие от своих товарищей на Родине, могли избежать вынужденного поступления на советскую службу по материальным причинам. Институт военных агентов так и не был восстановлен в прежнем виде. При инспектировании Всероглавштаба осенью 1918 г. было отмечено, что «пока не будут посланы за границу военные агенты и не будет организована агентурная разведка, сбор сведений об иностранных государствах будет стоять на мертвой точке»[1014]. Тем не менее, по данным на лето 1918 г., в ведении Всероглавштаба оказались разведывательные отделения штабов военных округов[1015].
Своя разведывательная служба (разведывательный отдел) в 1918 г. возникла при Высшем военном совете на базе партизанских формирований и велась в районе демаркационной линии. Однако отправной точкой истории советской военной разведки может считаться 15 апреля 1918 г., когда было создано разведывательное отделение оперативного отдела (Оперода) Московского областного военного комиссариата, положившее начало советской разведывательной службе. Отделение возглавил выпускник ускоренных курсов Военной академии Г.Я. Кутырев. 12 мая Оперод был переподчинен Наркомату по военным делам и стал центральным органом, ведавшим вопросами разведки и контрразведки. Разведывательную работу Оперода курировал выпускник ускоренных курсов Военной академии капитан Б.И. Кузнецов.
Если Всероглавштаб в соответствии со спецификой прежнего ГУГШ ведал внешней разведкой, то Оперод занялся разведывательной работой на территории России, в районах, контролировавшихся белыми, интервентами и немецкими оккупационными властями. Оперод имел 34 агента-резидента, агентурную группу из 6 человек и 2 агентов-маршрутников. Агентура находилась в городах на оккупированной немцами территории. Однако агентурные донесения вследствие проблем со связью поступали нерегулярно. К тому же Оперод оказался аморфной и раздутой структурой, которая не избежала проникновения антибольшевистской агентуры.
Наиболее известна история бывшего полковника, латышского стрелка А.И. Бирзе (Эрдмана), который был членом организованного Б.В. Савинковым «Союза защиты Родины и Свободы» (1918 г.) и даже одним из организаторов ударных дружин. Для конспирации он выдавал себя за анархиста, тесно связанного с большевистским руководством, и внедрился в Оперод. Пользуясь своими связями среди латышских стрелков, приближенных к партийным верхам и активно привлекавшихся к работе в ВЧК, Бирзе (Эрдман) вел широкую диверсионную работу, вводя в заблуждение даже председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского[1016]. В своем письме-исповеди Дзержинскому от 10 августа 1922 г. находившийся за границей Бирзе написал, что контрразведывательное отделение Оперода в 1918 г. было в его руках и не только не принесло никакой пользы красным, но и было намеренно использовано белыми подпольщиками во вред большевикам[1017]. Бирзе играл на ведомственных различиях, поскольку в Опероде его считали человеком Дзержинского и боялись. Помощником Бирзе был неназванный офицер Генштаба, видимо, служивший в Красной армии[1018].