Особую проблему для немцев представляло руководство Сербской православной церкви, и в первую очередь патриарх Гавриил (Дожич)[58]. Хотя немцы поддерживали неплохие отношения с РПЦ(з) и БПЦ и, в общем-то, не отличались антиправославной направленностью[59], руководство СПЦ не могло стать их союзником по ряду причин. СПЦ, и особенно епископ Николай (Велимирович), поддерживала до войны тесные отношения с Англиканской церковью; руководство СПЦ активно поддержало путч 27 марта 1941 г.; немцы подозревали нескольких иерархов СПЦ в принадлежности к масонскому братству; СПЦ неодобрительно относилась к антисемитским выпадам немцев; раздел Югославии привел к разрыву канонической территории СПЦ, причем в НГХ, оккупированной болгарами Македонии и подконтрольной албанцам территории Косова и Метохии несколько иерархов и множество сербских священников были убиты[60]. После оккупации гестапо заключило патриарха Гавриила в тюрьму, затем его перевели из тюрьмы под надзор в монастырь Раковица в пригороде Белграда. Здание Патриархии в Белграде оккупанты превратили в казарму, на ее окнах сушили нижнее белье, а во внутренней церкви устроили спальную комнату. Формальные и неформальные сербские политики, вызывавшие доверие у немцев (Д. Льотич и М. Ачимович), активно возражали против подобных действий, пытаясь убедить оккупантов в том, что такое давление на СПЦ не может сочетаться с политикой «нормализации» жизни в Сербии.
Стремление к «нормализации», выразившееся в активных действиях комиссарского управления, было следствием стремления немцев вывести по возможности большую часть войск с территории Сербии. С сербских территорий была выведена 2-я армия вермахта, а оккупационный аппарат подчинен командующему немецкими вооруженными силами на Юго-Востоке со штабом в Фессалониках (Греция). Территорию оккупированной Сербии немцы стали контролировать силами четырех пехотных дивизий (704-я, 714, 717, 718-я). Эти тыловые дивизии имели лишь по два пехотных полка, были сформированы в мае 1941 г. в рамках 15-й волны призыва и состояли, в основном, из призывников старших возрастов. Военного коменданта Сербии генерала Ферстера сменил генерал зенитной артиллерии Людвиг Шредер. Благодаря активной деятельности различных немецких служб и сербских властей началась работа на предприятиях, имевших значение для военных нужд. Запасные части для самолетостроения производили белградские фабрики «Икарус», «Рогожарский», «Микрон», «Телеоптик» и «Нестор»; военная фабрика производила порох и взрывчатые вещества в Крушевце; началось восстановление угольных шахт и шахт цветных металлов (цинк, медь, серебро, мышьяк, висмут, хром, свинец) в Восточной и Центральной Сербии, а также в Косово. Казалось, что ситуация в Сербии стабилизировалась и страна превратилась в относительно спокойный тыловой район. В открытом письме к представителям МВД Сербии от 17 июня 1941 г. начальник администрации военного коменданта Сербии Г. Тюрнер смог с полной уверенностью в обоснованности своих слов утверждать, что «обстоятельства нормализовались»[61].