Руководящий состав НКВД СССР, возглавлявшийся наркомом Кругловым С.Н., выглядел теперь следующим образом. На освободившуюся должность первого заместителя наркома был назначен глава Наркомата внутренних дел Украинской ССР генерал-лейтенант Рясной В.С., вместе с которым Круглов С.Н. два года назад громил банды оуновцев. Заместитель наркома генерал-полковник Чернышов В.В. по-прежнему курировал лагерные подразделения. Заместителем по войскам остался генерал-полковник Аполлонов А.Н. Заместитель наркома внутренних дел генерал-лейтенант Сафразьян Л.Б., одновременно являвшийся начальником Главного управления аэродромного строительства (ГУАС), 5 февраля 1946 года был переведен на должность зама в Наркомат по строительству топливных предприятий СССР, куда одновременно из НКВД передали и ГУАС. Герой Советского Союза генерал-полковник Серов И.А. остался на должности заместителя наркома, но продолжал свою работу в качестве заместителя Главноначальствующего Советской военной администрации в Германии (СВАГ). Заместитель наркома генерал-лейтенант Завенягин А.П., одновременно являвшийся заместителем начальника Первого Главного Управления (ПГУ) при СНК СССР, был назначен по совместительству начальником только что образованного Управления специальных институтов (9-е управление) и полностью сосредоточился над проблемами атомного проекта. Ещё один заместитель наркома генерал-лейтенант Обручников Б.П. занимался кадровыми вопросами [4].
С назначением нового наркома никаких кардинальных изменений, как это случалось раньше, в руководстве и личном составе работников Наркомата внутренних дел не последовало. Сергей Никифорович считал, что работать надо с тем коллективом и с теми людьми, которые имелись. Выполнения задач следовало добиваться за счёт глубокого и всестороннего знания подчинённых, учёта в работе их сильных и слабых сторон, проявления заботы об их личных нуждах и запросах. А для того чтобы обеспечить чёткую и ответственную работу всех звеньев Наркомата, одним из первых генерал-полковник Круглов С.Н. подписал приказ «О создании группы контроля и особых поручений при Народном комиссаре внутренних дел СССР» со штатом 21 человек. Согласно Положению об этом самостоятельном подразделении, на офицеров группы возлагалась задача по проверке (в соответствии с указаниями наркома) своевременного исполнения центральными управлениями, местными органами и войсковым командованием постановлений партии и правительства, приказов и директив НКВД для «предупреждения нарушений и извращений при проведении их в жизнь и выявления конкретных виновников невыполнения». По результатам проводившихся проверок управлений, отделов, лагерей, строек, учреждений, заведений, соединений и частей войск эта группа должна была представлять наркому обобщение материалов своей контрольно-ревизионной деятельности с целью постановки «принципиальных вопросов, направленных к улучшению работы органов НКВД». Для выполнения этих функций группа наделялась необходимыми полномочиями [4].
11 февраля 1946 года генерал-полковник Круглов С.Н. «за участие в обеспечении боевых действий Советских войск против Японии», в числе многих других участников тех событий, был награждён медалью «За победу над Японией», учреждённой указом Президиума Верховного Совета СССР 30 сентября 1945 года.
15 марта 1946 года Верховный Совет СССР принял Закон о переименовании Наркоматов в Министерства. Выступая на пленуме ЦК ВКП(б), где предварительно обсуждался данный вопрос, Сталин И.В. дал такое разъяснение смысла этого преобразования: «Народный комиссар или вообще комиссар — отражает период неустоявшегося строя, период гражданской войны, период революционной ломки и прочее, и прочее. Этот период прошёл. Война показала, что наш общественный строй очень крепко сидит, и нечего выдумывать название такое, которое соответствует периоду неустоявшемуся, и общественному строю, который ещё не устоялся, не вошёл в быт. Коль скоро наш общественный строй вошёл в быт и стал плотью и кровью, уместно перейти от названия — народный комиссар к названию — министр. Это народ поймет хорошо, потому что комиссаров чёртова гибель. Путается народ. Бог его знает, кто выше (смех в зале). Кругом комиссары, а тут — министр, народ поймёт. В этом отношении это целесообразно» [82].
Очевидно, такой шаг пришлось предпринять также и в связи с тем, что в нарождавшихся странах народной демократии не представлялось возможным применить «наркоматовскую» терминологию, а система управления во всём содружестве стран, возглавлявшихся Советским Союзом, должна была создаваться единой. Во всяком случае, советское правительство отныне представлял Совет Министров СССР, председателем которого по-прежнему оставался Сталин И.В., а одним из его заместителей — Берия Л.П. Соответственно генерал-полковник Круглов С.Н. теперь именовался Министром внутренних дел СССР, а генерал армии Меркулов В.Н. — Министром государственной безопасности СССР. Во исполнение принятого Закона приказом министра внутренних дел от 26 марта 1946 года НКВД СССР переименовали в МВД СССР.