В сентябре 1942 года Госкомитет Обороны принял решение об усилении Северного флота за счет переброски части кораблей с Тихого океана. Уже 20-го числа вызвали подводников, командиров нескольких лодок и сообщили им о перебазировании сводного дивизиона лодок на Север. Хотя в 1940 году «Щ-423» смогла перейти Северным морским путем, сейчас проблему усиления наших сил на Севере не решились выполнить этим способом. «Щ-423» шла, не погружаясь, и не могла стрелять торпедами. В реальной военной обстановке противник мог без особого труда уничтожить лодки, не боеспособные до прихода в базу. Поэтому выбрали другой маршрут, через Тихий океан и Атлантику, Владивосток, Петропавловск-Камчатский, Датч-Харбор, Сан-Франциско, Панамский канал, Галифакс, Розайт, Полярное. Для перехода отобрали новые «сталинцы» первой бригады: «С-51», «С-54», «С-55», «С-56» и два минзага «Л-15» и «Л-16» из 3-го отдельного дивизиона. 25-го сентября 1942 года из Петропавловска вышли «Л-15» и «Л-16» (капитан-лейтенанты Василий Исаакович Комаров и Дмитрий Федорович Гусаров). Лодки шли парами, не зная ничего друг о друге. Поскольку переход проходил через районы военных действий, лодки несли на корме громадные линкоровские флаги, чтобы не стать случайной жертвой торпед американской или японской субмарины. Но именно так и случилось. 11-го октября: в 820 милях от Сан-Франциско (по другим данным в 500 или 300 милях) при хорошей видимости и небольшом волнении, лодки следовали без охраны по поверхности со скоростью 11-12 узлов. В точке с координатами 45°41' северной широты 138°56' восточной долготы головная «Л-16» взорвалась. С дифферентом на корму в 45 градусов «Ленинец» начал быстро погружаться в воду и через 25-30 секунд исчез с поверхности океана. Сигнальщики «Л-16» обнаружили два перископа с левого борта, примерно на расстоянии одной мили, а артиллеристы успели выпустить пять снарядов из 45-миллиметрового орудия. Радисты успели поймать последнюю радиограмму
Подводная лодка «С-54» тип «С» IX-бис серии под командованием капитана 3-го ранга Дмитрия Кондратьевича Братишко в последний поход к мысу Берлевог вышла 5-го марта 1944 года. 10-го марта лодка сообщила, что идет на базу после боя с противником, но туда не прибыла. По поводу гибели «С-54» существует две версии: либо она погибла на мине заграждения «NW-31» 7 или 8 марта 1944 года, которую поставил минный заградитель «Ostmark» в июле 1943-го года, либо в результате полученных повреждений по пути на базу. На борту «С-54» в момент гибели находилось 50 человек.