Возможность навигации в гиперпространстве вызывает вполне обоснованные вопросы. Может быть, поэтому некоторые авторы, как Дэвид Вебер в цикле "Хонор Харрингтон", уверяют, что проколы более вероятны в избранных точках космоса. Их называют аномалиями (Роберт Хайнлайн "Астронавт Джонс"), n-пунктами (Дэвид Брин "Небесные просторы"). Они соединяют между собой некоторые фиксированные области обычного пространства, и их можно отыскать, например, по нелинейностям высших порядков (возмущениям времени-пространства). Дэвид Брин считает такие зоны состоящими из нитеподобных сближающихся дефектов пространства-времени, которые представляют собой его смесь с гиперпространством и сохранились с начала инфляции Вселенной. Скачок сводится к искусному последовательному перепрыгиванию корабля с одной нити на другую, пока не будет достигнута нить, выводящая к пункту назначения. Внутри зоны могут одновременно находиться многие другие корабли, идущие по тем же или другим маршрутам, допускается некоторое их маневрирование. Местонахождение и свойства зон перехода остаются стабильными, за исключением определенных моментов перестройки пространства-времени, вызванных разбеганием галактик ("Небесные просторы"). Идея не совсем стыкуется с современными представлениями о свернутом состоянии дополнительных измерений. Согласно другой точке зрения, аномалия может пропускать сразу лишь небольшое число судов, зависящее от их массы, и попытки преодолеть это ограничение приводят к совмещению кораблей с их взрывом либо к столь же катастрофическим столкновениям с границами зон перехода (Дэвид Вебер цикл "Хонор Харрингтон").
Поиск аномалий, пригодных для совершения гиперпрыжков - это дело специальных космических служб. В обнаруженную новую аномалию первыми проходят автоматические корабли-разведчики, а пилотируемые корабли входят в нее только после возвращения таких роботов и анализа собранной ими информации (Роберт Хайнлайн "Астронавт Джонс", Дэвид Вебер "Космическая станция Василиск", "Любой ценой"). Подобная программа действий опирается на предположение, что такие гипотетические пространственно-временные аномалии симметричны относительно прохода кораблей сквозь них в противоположные стороны, а это совсем не очевидно (Боб Шоу "Ночная прогулка", Пол Андерсон "Аватара"). Точно так же не стоит верить тому, что возможные гиперпереходы с использованием подобных аномалий ограничиваются прыжками на десятки и сотни световых лет, лежащими внутри расширяющегося со временем шара освоенных маршрутов (Роберт Хайнлайн "Гражданин Галактики", Айзек Азимов "Основание и Земля", Дэвид Вебер цикл "Хонор Харрингтон"). С тем же успехом они могут забрасывать путешественников в другие галактики (Аластер Рейнольдс "За Разломом Орла").
