Место для дислокации партизанского отряда и резидентуры было выбрано удачно, так как наличие большого числа выходов давало возможность скрытно от наружного наблюдения противника устанавливать регулярную связь с партизанской группой, действовавшей в самом городе, и с оставленной там агентурой. А также совершать диверсионные акты на железнодорожной магистрали и на промышленных предприятиях. Кроме того, катакомбы являлись хорошим прикрытием при вооруженном столкновении партизан с карательными отрядами противника.
В возглавляемую Бадаевым нелегальную резидентуру в Одессе вошли и местные работники органов госбезопасности. В группу связных при командире отряда были включены оперуполномоченная 4-го отдела одесского управления НКВД Тамара Межигурская и оперуполномоченный транспортного отделения НКВД станции Гайворонская Петр Болонин, а также чекисты Николай Шевченко и Павел Шевченко — для выполнения особых заданий и связи с остальными подпольными группами. Всего же в резидентуре и отрядах Молодцова было до 80 человек.
В это время в городе существовали и другие партизанские отряды, но они действовали разобщенно.
О том, что в оккупированной Одессе остался мощный очаг сопротивления, сигуранце — румынской контрразведке — было известно с самого начала. В одном из ее документов о борьбе с партизанским движением говорилось: «Советское правительство организовало и хорошо снабдило действия партизан на потерянных территориях. Партизаны составляют невидимую армию коммунистов на этих территориях и действуют со всем упорством, прибегая к самым изощренным методам выполнения заданий, ради которых они оставлены. Вообще все население, одни сознательно, другие несознательно, помогают действиям партизан».
Перед уходом под землю партизаны Клименко дали оккупантам бой. В результате длительной перестрелки с только что вошедшими в город румынскими войсками были убиты и ранены до 50 вражеских солдат и офицеров. Партизаны же потерь не имели вообще. Отдельный чекистский отряд, в силу своей удаленности, в открытый бой с захватчиками не вступил. Но в течение последующих месяцев москвичи и одесситы сочетали операции против немцев и румын с жестокими разборками между собой.
В первой половине ноября 1941 года по заданию Молодцова партизаны подорвали полотно железной дороги между станциями Дачная и 2-я Застава. В результате движение на дороге было приостановлено на сутки. Затем была взорвана городская комендатура, под обломками которой погибли около 140 офицеров противника, в том числе два генерала. Вскоре последовал взрыв плотины Хаджибейского лимана и нескольких военных складов.
17 ноября группой Кузнецова в районе станции Застава был пущен под откос воинский эшелон с боеприпасами и живой силой противника. Из-под обломков разрушенного поезда румыны извлекли около 250 трупов своих солдат и офицеров. Затем чекисты поумерили активность — им стало не до врага: вынужденные не только воевать плечом к плечу, но и жить бок о бок, они не прекращали грызню между собой, поводом для которой становились просто бытовые мелочи. При этом и Молодцов, и Кузнецов продолжали претендовать на единоначальное командование, что также не вносило дружелюбия в ряды подчиненных.
За три месяца 1941 года бадаевцы провели шесть боевых операций. Так, 9 декабря 1941 года нарком внутренних дел Лаврентий Берия докладывал в ГКО: «По сообщению нелегального резидента в Одессе, в ночь на 12 ноября партизанский отряд НКВД, руководимый тов. Бадаевым, разрушил в районе села Нерубайское Одесской области полотно единственной введенной в эксплуатацию железной дороги на Одессу. В результате произошло крушение двух воинских эшелонов. В связи с этим немцы объявили село Нерубайское на военном положении и предложили населению ликвидировать партизанский отряд».
Наземные партизаны собирали данные о дислокации румынских и немецких воинских частей и военных объектов и через своих связных передавали эти сведения в катакомбы, откуда ежедневно — как правило, в половине одиннадцатого вечера — по рации информация передавалась в Центр. В результате этого советская авиация дальнего действия сумела нанести точные удары по румынской мотоколонне, по скоплениям боевой техники, а также уничтожить склады горючего под Первомайском. За этой радиостанцией, получившей название «Корреспондент-12», долго охотились и немецкие, и румынские контрразведчики.
Была у бадаевцев еще одна, пусть и не такая важная, функция — распространение среди населения сводок Совинформбюро и листовок против оккупационного режима. Партизаны, действовавшие в катакомбах, отвлекали на себя тысячи румынских и немецких солдат, офицеров и полицейских, вынужденных охранять несколько сотен ходов в катакомбы в радиусе 40 километров от Аркадии до Хаджибейского лимана.
