В том же 1503 году скончалась Софья Фоминишна, по некоторым свидетельствам, как сказано выше, женщина хитрая и имевшая значительное влияние на своего супруга. Нет сомнения, что она вместе с сыном Василием поддерживала партию строго православную в борьбе с новгородскими еретиками и, в свою очередь, находила опору в этой партии по известному вопросу о престолонаследии. Только в следующем году, уже после кончины Софьи, решилась судьба этих еретиков.
Иосиф Волоцкий, тщетно ожидавший от великого князя обещанных им строгих мер против ереси, вновь и энергически принялся за это дело. Он написал послание духовнику Ивана III, архимандриту Андроникова монастыря Митрофану; рассказал ему о прежних беседах с государем и его обещаниях и убедительно просил Митрофана, чтобы тот неотступно напоминал государю об исполнении этих обещаний, ибо время уходит, а ересь умножается и производит великий соблазн в народе. На сей раз общие усилия Иосифа и Митрофана увенчались успехом. Великий князь, уже удручаемый болезнями, готовясь к близкой смерти, склонился на их убеждения, и в декабре 1504 года созвал в Москве новый церковный собор на новгородских еретиков. Иосиф явился здесь главным и ревностным их обличителем. Еретики были не только преданы церковному проклятию, но главные из них осуждены на смертную казнь. Сия последняя напомнила испанскую ауто-да-фе того времени. В Москве сожгли в клетке дьяка Волка Курицына (брат Федора), Митю Коноплева, Ивашка Максимова, а в Новгороде сожгли Некраса Рукавова, юрьевского архимандрита Касьяна с братом Иваном и некоторых других. Прочих уличенных в ереси заточили по темницам и монастырям. Вслед затем скончалась в заключении и невестка великого князя Елена. Эти казни хотя не прекратили совершенно ереси, тем не менее навели страх и нанесли ей решительный удар. Иосиф простер свою ревность до того, что восстал против помилования тех еретиков, которые изъявляли раскаяние; противодействуя ходатайству за них Заволжских старцев, он называл это раскаяние притворным и убеждал великого князя не верить им. Впрочем, с такими убеждениями ему пришлось обращаться уже к сыну и преемнику Ивана III, Василию.
Иосиф Волоцкий в данном случае является таким же крайним представителем русского ума, какими были новгородские еретики в противуположном, т. е. отрицательном, направлении. Он хотел вырвать их учение с корнем и не соглашался ни на какие сделки, ни на какие уступки, ради сохранения церковного здания в полной целости и неприкосновенности. Не скоро потом в русских умах улеглось брожение, поднятое Мниможидовской ересью, которая и доселе остается не вполне разъясненною. К сожалению, мы не имеем никаких писаний, где бы сами еретики излагали свое учение. Во всяком случае это брожение и энергический отпор, встреченный еретиками, внесли немало оживления в область русского религиозного мышления, которому угрожал застой при полном его подчинении внешней церковной обрядности; следовательно, имели свои добрые последствия.
Любопытна судьба самого начального борца с этой ересью, архиепископа Геннадия. Ему не пришлось участвовать в торжестве своего дела; он не присутствовал на соборных заседаниях 1504 года. Едва окончился предыдущий собор, строго запретивший брать какую-либо плату за поставление священников, и едва Геннадий воротился в Новгород, как первый нарушил соборное постановление 1503 года и стал взимать мзду с новоставленных пуще прежнего. Впрочем, летопись главную вину в этом случае приписывает его любимому дьяку Михаилу Алексееву, злоупотреблявшему доверием владыки. По доносу недоброжелателей Геннадия, великий князь и митрополит немедленно велели «обыскать», т. е. исследовать дело; после чего Геннадий был «сведен» с архиепископского престола и водворен в Московском Чудове монастыре, где и скончался, спустя два с половиной года. Кроме борьбы с ересью, его несомненную заслугу составляет попытка поднять образование низшего духовенства заведением публичных школ. (Выше приведено было его послание митрополиту Симону о невежестве сельских священников и необходимости завести училища.) Мы упоминали о том, что прежде составленная пасхалия прекращалась в 1492 году от Р.Х. с истечением 7000 лет от сотворения мира. Тогда же соборне решено было в Москве приступить к составлению пасхальных таблиц на осьмую тысячу лет. Геннадий принимал деятельное участие в написании этой пасхалии и успел составить таблицы на 70 лет{108}.