Сохранилась легенда, по которой В.И. Чапаев, узнав о назначении на пост командующего полковника Генштаба старой армии, направил к Каменеву (тогда еще комфронта) своего представителя Якова Пугача, чтобы выяснить, что он за человек и нет ли угрозы контрреволюции. Разведчик сообщил следующее:
По окончании Бугульминско-Белебеевской операции командование Восточного фронта поставило Южной группе задачу: продолжая преследование противника, овладеть Уфимско-Стерлитамакским районом.
В ночь с 7 на 8 июня части Двадцать пятой Чапаевский стрелковой дивизии Южной группы войск переправились через реку Белая у станции Красный Яр. Развивая успех, командование ввело в действие 31-ю стрелковую дивизию, и 9 июня красными войсками была занята Уфа.
Успехи Пятой армии привели к отходу белогвардейцев. Это позволило Второй армии продвинуться на Сарапул и Ижевский завод.
Войска Восточного фронта, который в это время возглавил генерал-майор Владимир Александрович Ольдерогге, продолжили наступление на Златоустовском направлении.
4 июля Вторая армия овладела Красноуфимском. 13 июля Пятая армия заняла Златоуст.
Попытка вновь двинуть на фронт Чехословацкий корпус, пребывавший в тылу, окончилась ничем. Он уже разложился настолько, что внушал опасения представителям Антанты.
Белые армии быстро покатились за Тобол. Были оставлены Челябинск, Алапаевск и Верхотурье. Красные армии их преследовали по пятам. Разложение белых восточных армий продолжилось. Сибирские армии насчитывали не более 50 тысяч бойцов при 300 тысячах ртов. Источники пополнения иссякали, так как мобилизации в стране, потрясаемой крестьянскими восстаниями, не давали результатов. Призыв добровольцев добавил всего 200 человек.
Пятая армия (теперь под командованием полковника дворянина Михаила Степановича Матиясевича) вновь перешла в наступление и успешно переправилась через реку Тобол. Белогвардейские войска потеряли уже всякую боеспособность. Теперь красноармейцам предстояло преодолевать не сопротивление противника, а пространство. Третья армия овладела Ишимом. Без боя белыми был оставлен Омск с огромными запасами имущества. 10 тысяч человек не пожелали далее участвовать в междоусобице и сдались.
Отходившие армии Колчака разбились на несколько групп, охватываемых кольцом местных партизанских отрядов. Перейдя к преследованию, части Пятой армии 22 декабря заняли Томск. После этого были окончательно разгромлены остатки войск Дутова. Колонна Пятой армии 6 января 1920 года заняла Красноярск. В плен сдалось 20 тысяч человек. Всего же за время преследования сибирские армии потеряли до 100 тысяч человек только пленными.
В начале января в Иркутске образовался эсеро-меньшевистский «политический центр», разогнавший после небольших боев колчаковское правительство. 15 января после переговоров командование Чехословацкого корпуса под гарантии свободного проезда на восток передало Политцентру эшелон с золотым запасом и арестованных в Нижнеудинске А.В. Колчака и премьер-министра его правительства В.Н. Пепеляева. Сразу же была создана следственная комиссия, начавшая их допросы.
Политцентр после переговоров с Сибирским ревкомом и командованием Пятой армии РККА, под угрозой захвата Иркутска отступающими колчаковскими частями генерала В.О. Каппеля, сложил полномочия и передал власть Иркутскому военно-революционному комитету. Ревком создал Восточно-Сибирскую советскую армию под командованием поручика Д.Е. Зверева в 15 тысяч человек, которая вступила в бои с отступающими каппелевцами.
На допросе члены Чрезвычайной следственной комиссии пытались выяснить степень причастности адмирала А.В. Колчака к расстрелу некоторых членов Комитета Учредительного восстания, а также сожжению сибирских деревень:
