В этот период Екатерина II усиленно ищет замену тяжелобольному генерал-прокурору Сената А.А. Вяземскому. Никого достойного в своем постоянном окружении она не находит, и в сентябре 1792 г. назначает «на краткое время» на высокий пост генерал-прокурора Сената Самойлова. «Краткое время» растянулось на целых четыре года вплоть до смерти Екатерины II. Суммируя реакцию тогдашнего общества на это назначение, историк П. Иванов отмечает, что, по отзывам современников, «граф А.Н. Самойлов был храбрый и честный человек, но мало сведущий в делах гражданских».
Успешней складывались у нового генерал-прокурора дела на поприще политического сыска, благодаря чему, по всей видимости, он и оставался длительное время на своем ответственном посту. Старательно вникая в суть следствия, Самойлов докладывал о его ходе лично императрице, нередко получал от нее дальнейшие указания. Первым крупным процессом в его руководство Тайной экспедицией при Сенате стало дело книгоиздателя и просветителя Н.И. Новико€ва. Власти давно знали о его принадлежности к масонской ложе и держали под подозрением за острые сатиры в журналах и распространение идей французских просветителей. Пока эти идеи не привели к революции во Франции, Екатерина II более или менее терпимо относилась к их отечественному пропагандисту, предпочитая бороться с ним с помощью литературной полемики. Великая французская революция заставила императрицу пересмотреть политику в этом вопросе и прибегнуть к карательным мерам. В апреле 1792 г. Н.И. Новиков был арестован, а его издания конфискованы. Высокий уровень образованности подследственного доставлял много хлопот руководителям Тайной экспедиции. Екатерина II внимательно следила за ходом этого политического дела и сама составила вопросные пункты, на которые Новиков должен был дать ответ в каземате Шлиссельбургской крепости. Тем не менее конкретных обвинений просветителю Тайная экспедиция предъявить так и не смогла, и по повелению императрицы он и без этой «формальности» был приговорен к 15 годам заключения.
На следующий год Тайной экспедиции при Сенате пришлось заниматься розыском по делу отставного поручика Ф. Кречетова. В доносе на арестованного говорилось, что он «сочиняет разные сочинения против царской власти, клонящиеся к соделанию бунта, а нередко говорил и на словах возмутительные речи, касающиеся до порицания особы ее императорского величества и нынешнего правления». При обыске у него, помимо сочинений об учреждении в империи школ, типографий, нашли записку о введении в России «Основного государственного закона», согласно которому монархи должны являться лишь «блюстителями» и «стражами» закона, а в случае его нарушения отрешаться от престола. За подобное вольнодумство Кречетов был заточен в Петропавловскую крепость «под крепчайшей стражей» без права писать что-либо и встречаться с родными. Эти и другие подобные дела генерал-прокурору Сената с особым усердием помогал расследовать неутомимый С.И. Шешковский.
Карьера Самойлова закончилась сразу после смерти Екатерины II в ноябре 1796 г. Ее наследник Павел I не любил свою мать и всех деятелей из ее окружения и через месяц после вступления на престол отправил Самойлова в числе других в отставку.
ШЕШКОВСКИЙ Степан Иванович (1727–1794). Обер-секретарь Тайной экспедиции при Правительствующем сенате в 1767–1790 гг.; фактический руководитель ведомства политического сыска России с начала 1760-х гг.
