Ликвидировав в 1801 г. Тайную экспедицию, вскоре Александр I и его ближайшее окружение поняли, что без органа государственной безопасности власть существовать не может. Основная угроза на этот раз исходила не столько изнутри страны, сколько извне: ставший императором Франции Наполеон явно рвался к мировому господству. После сокрушительного разгрома Австрии и Пруссии на пути к нему перед великим завоевателем оставалось только два препятствия – Англия и Россия. Французская разведка в тот период являлась одной из лучших в мире и проявляла большой интерес к делам и замыслам своих действительных или потенциальных противников. В русских документах за 1810–1812 гг. упоминается более 60 разыскиваемых французских лазутчиков и шпионов. Несмотря на все попытки противодействия им (так, перед самым началом Отечественной войны 1812 г. русская военная разведка под руководством М.Б. Барклая де Толли через Д. Савана сумела подбросить французам дезинформацию о планах русского командования ведения боевых действий), далеко не все усилия наполеоновской разведки оказались тщетными. Французский офицер Домберг, участник наполеоновского похода в Россию, вспоминал:
«Москва, несмотря на громадное протяжение и обезлюдение, царствовавшие в ней, не представляла для французов никакого затруднения относительно распознавания местности, что обыкновенно случается в незнакомом городе. Самые положительные сведения, мельчайшие топографические подробности доставлены были еще до начала войны нашим консулом Дорфланом. Он находился тут же при армии, так что указания его переходили ко всем, начиная с офицеров и до последнего солдата».
Первоначально Александр I попытался решить проблему государственной безопасности без создания единого специализированного органа. На учрежденное 8 сентября 1802 г. Министерство внутренних дел были возложены многочисленные функции управления страной, в том числе «попечение о повсеместном благосостоянии народа, о спокойствии, тишине и благоустройстве всей империи». Вторая экспедиция министерства, которая ведала «делами благочиния», наряду с руководством земской и городской полицией занималась вопросами политического сыска и цензуры. Одновременно при петербургском военном губернаторе на строго конспиративных началах стала действовать Тайная полицейская экспедиция. Согласно секретной инструкции в круг ее обязанностей входили:
«...все предметы, деяния и речи, клонящиеея к разрушению самодержавной власти и безопасности правления, как-то: словесные и письменные возмущения, заговоры, дерзкие или возжигательные речи, измены, тайные скопища толкователей законов, учреждениев, как мер, принимаемых правительством, разглашателей новостей важных, как предосудительных правительству и управляющим, осмеяний, пасквилесочинителей, вообще все то, что относиться может до государя лично, как правление его». Тайная полицейская экспедиция также должна была ведать «о всех приезжих иностранных людях, где они жительствуют, их связи, дела, сообщества, образ жизни, и бдение иметь о поведении оных»
Однако обе структуры работали неэффективно и, отправляясь в 1805 г. в действующую армию на войну с Наполеоном, Александр I сказал графу Е.Ф. Комаровскому:
«Я поручаю столицу Вязмитинову, а тебя назначаю к нему в помощники; сверх того, я желаю, чтобы учреждена была секретная полиция, которой мы еще не имеем и которая необходима в теперешних обстоятельствах. Для составления правил оной назначен будет комитет из князя Лопухина, графа Кочубея и тебя...».
Первой попыткой претворения в жизнь монаршей воли было образование 5 сентября 1805 г. «Комитета для совещания по делам, относящимся к высшей полиции». В него вошли министр внутренних дел В.П. Кочубей, министр юстиции П.В. Лопухин и военный министр С.К. Вязмитинов, одновременно являвшийся военным губернатором Петербурга (Е.Ф. Комаровский к работе в комитете, несмотря на разговор с императором, не был привлечен). В составленной графом Н.Н. Новосильцевым инструкции определялись две функции этого межведомственного учреждения:
«а) сохранение общественного спокойствия и тишины;
б) отвращение недостатков продовольствия и жизненных припасов в столице».
Для достижения этих целей Комитет высшей полиции должен был «немедленно и исправно» получать информацию от столичного обер-полицмейстера (о подозрительных лицах, приезжих, слухах, «скопищах и собраниях», состоянии продовольствия), министра внутренних дел (о слухах, поступающих из губерний через местных начальников), директора почт (о подозрительной переписке) и доводить эту информацию до сведения Комитета министров и самого императора. Не только деятельность, но и само существование этого органа было окружено завесой строжайшей секретности.
Однако в целом этот опыт был признан неудачным, и по предложению графа Н.Н. Новосильцева, одного из ближайших друзей царя, 13 января 1807 г. был образован Комитет для рассмотрения дел по преступлениям, клонящимся к нарушению общего спокойствия (Комитет общей безопасности).