Опубликованный императорский указ от 13 января 1807 г. определял следующую схему работы вновь созданного комитета. При открытии дел по важным преступлениям местные власти должны были немедленно через петербургскую полицию и военного губернатора передавать их в Комитет общей безопасности, который согласно с обстоятельствами предпишет им порядок следствия и будет наблюдать за его ходом вплоть до завершения. Результаты расследования губернское начальство затем направляло на ревизию в комитет. Министрам следовало информировать этот орган о том, кого они намерены выслать за пределы страны, а кого задержать. Все государственные учреждения и должностные лица обязаны были предоставлять комитету необходимые сведения и выполнять его предписания. Упомянутая выше секретная же инструкция Новосильцева для этого органа госбезопасности требовала «предусматривать все то, что могут произвести враги государства, принимать сообразные меры к открытию лиц, посредством коих могут они завести внутри государства вредные связи и отвращать или искоренять благовременно такое зло». Каналы информации были те же самые, что и предусматривались для Комитета 1805 г. Штат Особенной канцелярии Комитета общей безопасности по указу от 13 января 1807 г. был определен в 23 человека. С образованием канцелярии комитет окончательно оформился как центральный следственно-судебный орган по политическим делам империи. Администрации и полиции на местах вменялось предварительное дознание или краткое следствие дел, и они поступали затем для более глубокого расследования в Комитет общей безопасности, решения которого утверждались лично царем. Большинство рассмотренных этим органом дел тем или иным образом было связано с наблюдением за лицами, подозревавшимися в работе на французскую разведку или состоящими в масонских ложах, за распространителями слухов и пасквилей. Основная работа организации сыска легла на плечи обер-полицмейстера, будущего министра полиции А.Д. Балашова, который представил на утверждение императору «Примерное положение полицейской экспедиции», где конкретно определялись штат, жалованье, «необходимые свойства» служащих и их должности. Будущие сотрудники должны были «слышать, выведывать, проникать в образ мыслей всех и каждого».
Комитет общей безопасности просуществовал до начала 1829 г., однако наиболее интенсивно он работал в первые годы, когда его члены собирались на заседания регулярно раз в неделю. Так, если с 1807 по 1810 г. состоялось 170 заседаний комитета, то в период с 1811 по 1829 г. – лишь 195. Соответственно в первые четыре года в комитет поступило 94 дела, из которых он рассмотрел 57, а в последующие 19 лет – 57 дел, из которых было рассмотрено 36. Столь резкое снижение активности Комитета общей безопасности объясняется тем, что в 1810 г. Александром I было образовано Министерство полиции, повлекшее за собой существенное перераспределение полномочий. Инициатором создания нового министерства был М.М. Сперанский.
Хотя комитет 1807 г. являлся центральным органом политического сыска в стране, параллельно с ним в Петербурге (при генерал-губернаторе) и Москве (при обер-полицмейстере) существовала особая секретная полиция, подчинявшаяся одновременно и Министерству внутренних дел. «Долг сего таинственного отделения полиции, – указывалось в секретном предписании московскому обер-полицмейстеру от 8 января 1807 г., – главней состоять будет в том, чтоб получать и ежедневно доносить вам все распространяющиеся в народе слухи, молвы, вольнодумства, нерасположение и ропот, проникать в секретные сходбища... Допустить к сему делу людей разного состояния и различных наций, но сколько возможно благонадежнейших, обязывая их при вступлении в должность строжайшими, значимость гражданской и духовной присяги имеющими реверсами о беспристрастном донесении самой истины и охранения в высочайшей степени тайны... Они должны будут, одеваясь по приличию и надобностям, находиться во всех стечениях народных между крестьян и господских слуг; в питейных и кофейных домах, трактирах, клубах, на рынках, на горах, на гуляньях, на картечных играх, где и сами играть могут, также между читающими газеты – словом, везде, где примечания делать, поступки видеть, слушать, выведывать и в образ мыслей проникать возможно».
Секретная экспедиция при московской полиции состояла из 27 человек, и денег на ее содержание отпускалось гораздо больше, чем на канцелярию Комитета общей безопасности. Стремление создавать дублирующие и в силу этого неизбежно конкурирующие друг с другом структуры политического сыска было характерно для Александра I, этого «настоящего византийца», как отозвался о русском царе имевший с ним дело Наполеон. Результаты подобной «византийской политики» довольно быстро привели к абсурдному положению дел, описанному военным историком генерал-лейтенантом А.И. Михайловским-Данилевским:
