Отслеживая практически все важнейшие стороны жизни государства и общества, Третье отделение было завалено информацией, частью совершенно ненужной, и при малочисленном штате служащих проблема сохранения документов, в том числе особой секретности, всегда была из острейших. Бумажный поток рос как снежный ком. В первый год работы Третьего отделения в одной только первой экспедиции было заведено 120 новых дел, зарегистрировано 198 входящих бумаг и 170 исходящих. В 1848 г. эти показатели соответственно составили 564, 4524 и 2818. Еще через два года в архиве Третьего отделения скопилось уже около 30 тысяч дел, число которых продолжало неудержимо увеличиваться – в одном только 1869 г. было заведено 2040 новых дел.
Длительное время архивом заведовал только один человек; условия хранения секретной документации оставляли желать много лучшего. Так, в январе 1849 г. из архива Третьего отделения пропало сразу 18 докладов его шефа с собственноручными резолюциями императора. Вырезки из них вместе с анонимной запиской были потом присланы по почте Николаю I. Служебное расследование установило, что повинен в этом был губернский секретарь А.П. Петров, сверхштатный сотрудник Третьего отделения, с корыстной целью выкравший секретные бумаги «для передачи частным лицам».
Но особенно значительный ущерб нанес внедренный в штат этого органа безопасности уже упомянутый народоволец Н.В. Клеточников. В начале 1879 г. он поступил на службу в секретную часть третьей экспедиции. Обладая каллиграфическим почерком и феноменальной памятью, Клеточников не только образцово исполнял порученные обязанности, но и с готовностью брался переписывать секретные бумаги за своих ленивых сослуживцев, а полученную информацию на протяжении двух лет систематически передавал своей организации. Благодаря ему «Народная воля» в эти годы стала неуловимой для политического сыска. Имея возможность оценивать ситуацию изнутри, Клеточников отмечал низкую эффективность работы агентуры Третьего отделения в последний период его деятельности. Он писал:
«Итак, я очутился в III отделении, среди шпионов. Вы не можете себе представить, что это за люди! Они готовы за деньги отца родного продать, выдумать на человека какую угодно небылицу, лишь бы написать донос и получить награду. Меня просто поразило громадное число ложных доносов. Я возьму громадный процент, если скажу, что из ста доносов один оказывается верным. А между тем почти все эти доносы влекли за собой аресты, а потом и ссылку».
Возможно, Н. Клеточников сознательно сгустил краски, но факт остается фактом – вплоть до самой ликвидации Третьего отделения его руководство так и не смогло разоблачить агента в своем учреждении, хотя по публикациям в демократической прессе имен некоторых секретных агентов и знало о его существовании.
Неудовлетворенные половинчатостью проводимых правительством реформ, народовольцы выносят начавшему их царю Александру II смертный приговор и, начиная с выстрела Каракозова 4 апреля 1866 г., неоднократно пытаются привести его в исполнение. К политике регулярного террора Третье отделение оказалось совершенно неготовым и так и не смогло его пресечь. Дело дошло до того, что в 1878 г. революционеры убили самого шефа Корпуса жандармов Н.В. Мезенцева. После покушения Каракозова тогдашний начальник Третьего отделения П.А. Шувалов представил императору доклад, в котором предлагал учредить особую «охранительную команду» для защиты от покушений августейшей особы в составе начальника, двух его помощников, 6 секретных агентов и 80 стражников (их численность была сокращена до 40). Идея встретила понимание Александра II, и 2 мая 1866 г. он утвердил проект. Но ни отряд личных телохранителей императора, ни Третье отделение, оказавшееся неспособным защитить даже собственного начальника, не смогли предотвратить новых попыток цареубийства. Все это закономерно породило глубочайшее недовольство Александра II деятельностью органа госбезопасности. Последней каплей, переполнившей чашу царского терпения, явился взрыв в Зимнем дворце, произведенный в феврале 1880 г. революционером-рабочим С.Н. Халтуриным.
