В дальнейшем, однако, распространение христианства в Центральной Европе происходило при решающем воздействии двух факторов: вторжения венгров в Дунайскую низменность и падения Великоморавской державы. Земли, занятые западными славянами, оказались отрезанными от Балкан и от Византии, а усиление в X в. Германского королевства, превратившегося затем в империю, сделало вопрос об отношениях с ней важнейшим для западнославянских государств. Принятие христианства из Рима затрудняло для Германской империи экспансию против восточных соседей. Чешские земли с конца IX в. перешли под юрисдикцию регенсбургского епископства (Бавария), что означало утверждение их связи с католическим миром, хотя традиции славянской письменности, заимствованные из Великой Моравии, сохранялись здесь еще длительное время вплоть до конца XI в. Когда Мешко I польский в 965 г. принял христианство по католическому обряду из Чехии, женившись на дочери чешского князя Болеслава I, возникшая здесь церковь с самого начала оказалась в зависимости от Рима.
Иным было положение на землях, занятых мадьярами, где в равной мере ощущалось политическое влияние и Византии, и Германской империи. Некоторые из венгерских князей на землях, граничивших с Первым Болгарским царством, приняли крещение из Константинополя, и в 965 г. было создано венгерское епископство, подчиненное константинопольскому патриарху. С другой стороны, князь Гейза, владения которого граничили с Баварией, пригласил в 973 г. к себе миссионеров из этого немецкого княжества. Как указывалось выше, сын Гейзы Иштван одержал победу над другими венгерскими князьями, и это определило установление организационной связи венгерской церкви с Римом. Однако благодаря особенностям международного положения Венгрии, о которых говорилось выше, в XI — начале XII в. католическое вероисповедание венгерских правителей не мешало им терпимо относиться к православию на землях Венгерского королевства, где в это время существовал ряд православных монастырей (некоторые из них были основаны членами правящей династии).
Христианские епископства на землях полабских славян были образованы в 968 г. после их подчинения Германской империи. Поскольку в данном случае христианство было навязано извне, они почти перестали существовать после произошедшего в 80-х годах X в. грандиозного восстания полабских славян. Восстановление епископств в дальнейшем было так или иначе связано с подчинением полабских славян в XI—XII вв. власти немецких феодалов.
Сложившиеся раннефеодальные государства Центральной Европы, принимая христианство и определяя свое место в системе европейских государств, стремились к собственной, независимой церковной организации. Эту задачу в полном объеме удалось решить лишь Польше и Венгрии, где уже в самом начале XI в. были созданы свои церковные «провинции». Чешские же епископства вплоть до XIV в. подчинялись архиепископству майнцскому.
В период раннего феодализма положение церкви в странах Центральной Европы определялось ее всесторонней зависимостью от государственной власти. Как отмечалось выше, часть потребностей духовенства удовлетворялась за счет доходов с их земельных владений, но в период раннего средневековья большее значение имел иной источник доходов — передача различным церковным учреждениям определенной доли (часто — 1/10) судебных и торговых пошлин или вообще всех доходов, поступавших в «грады». Следует также учитывать, что в условиях упорного сопротивления населения христианизации духовенство могло существовать и укреплять свои позиции лишь в самом тесном сотрудничестве со светской властью. Никакой приходской организации, которая охватывала бы всю территорию страны и обеспечивала бы повседневное влияние духовенства на массу верующих, в раннефеодальную эпоху в регионе не существовало. Отдельные храмы, появлявшиеся в сельских владениях магнатов, служили прежде всего удовлетворению духовных потребностей самих магнатов и их окружения. Большая часть христианских храмов этого времени находилась в «градах» (отсюда польское их название «костел» — производное от латинского castellum) под непосредственной опекой представителей государственной администрации. Они же в этот период наказывали за нарушение христианских норм (например, в Польше за нарушение поста выбивали зубы), а штрафы делились между церковью и государственной казной. Следует добавить, что все церковные учреждения этого времени были основаны правителями, располагавшими широкими правами патроната над ними. Неудивительно, что при такой всесторонней зависимости от государства практически именно правитель назначал угодных ему людей на должности епископов и аббатов, а сами епископы прямо именовались «его» капелланами. Изменения в положении церкви, связанные со спорами из-за права на инвеституру, не затронули страны Центральной Европы.