Несколько утихшие после коронации Карла Великого страсти с новой силой разгорелись в 858 г. Поводом для этого послужило смещение константинопольского патриарха Игнатия и избрание Фотия, одного из образованнейших людей своего времени, решившего восстановить несколько пошатнувшееся могущество византийской церкви. Папа Николай I отказался признать законность этого акта, опротестовал решение собора, поддержавшего Фотия, и объявил о лишении константинопольского патриарха всех степеней священства. Константинополь ответил папе анафемой. Папа поступил аналогичным образом. С этого времени разногласия между западной и восточной церквами однозначно вели к их разделению, схизме. Кульминацией этой борьбы были драматические события 1054 г. в Константинополе: римский кардинал Гумберт возложил 16 июня этого года в св. Софии грамоту с отлучением патриарха Михаила Кирулария от церкви, тот в свою очередь отлучил папского легата и объявил сторонников западной церкви еретиками. Он подробно перечислил все основные пункты расхождения с латинянами. Для восточной церкви были неприемлемы как обрядовые, так и догматические правила латинян: применение опресноков вместо квасного хлеба при причащении; соблюдение субботнего поста, целибат (безбрачие духовенства); обычай священников брить бороду; крещение посредством одного только обрызгивания, без погружения в купель, принебрежение культом икон, место которых заняло скульптурное распятие. В богословской сфере основным расхождением с латинянами было признание последними исхождения св. духа не только от бога-отца, но и от сына. Споры о природе Троицы, давно уже волновавшие восточную церковь, были по существу попыткой разрешить кардинальные философско-богословские вопросы о соотношении единства и множества, земного и небесного, человека и бога. Греческие богословы, в отличие от западных теологов, подчеркивали самостоятельность лиц Троицы при единстве ее природы. В соотношении лиц Троицы они видели монархический принцип. Добавление западными богословами filioque означало замену монархического принципа иерархическим. Троица в их понимании превращалась в иерархизированное единство в отличие от монархически воплощенной триады восточного православия.
Средневековому мышлению Запада подобная иерархия лиц была ближе и понятнее, чем монархическая система, которая в свою очередь более адекватно отвечала самодержавной общественной структуре Византии. Западной религиозности был особо присущ культ бога-сына Иисуса Христа, распятие — изображение Христа на кресте — стало главной святыней в храмах латинского Запада. На Востоке широкое распространение получило почитание св. духа и праздника пятидесятницы (духова дня).
Существенным различием восточной и западной церквей было отношение к проблеме свободы воли. Отсутствие корпоративного начала в византийском обществе и большее распространение индивидуализма приводило к замене августиновской концепции предопределения, ведущего человека к спасению или гибели, теорией синергизма — соединения свободной человеческой деятельности с божественным милосердием. На теологии Августина зиждился основной принцип деятельности западной церкви: человек сам по себе бессилен перед грехом, и только церковь как корпорация может через церковные таинства обеспечить его спасение. Отсюда вытекала оценка церковью грехов и добрых дел человека, возможность индульгенций, учение о посмертной судьбе, суде над грешниками, чистилище и т.п.
Западная церковь в силу своей корпоративности значительно резче отделялась от мирян, чем византийская. Социальная обособленность латинского духовенства воплощалась в организации клира, прежде всего во введении целибата — безбрачия духовенства, отрицаемого на Востоке, и в установлении причащения клириков хлебом (телом Христовым) и вином из чаши (кровью Христовой), тогда как мирян — одним хлебом. В Византии же целибат распространялся только на монахов и епископов, а миряне, подобно священникам, причащались и хлебом и вином («под обоими видами»).
