Последователей св. Доминика, выбравших своей эмблемой собаку с горящим факелом в пасти, не зря называли «псами господними». Они превратились в главную опору пап в борьбе со светской властью, городами, университетами, строптивыми иерархами церкви.
До XII в. преследования еретиков, хотя и приобретали подчас жестокие формы, не носили столь планомерного и истребительного характера, как после учреждения в конце XII столетия папой Григорием IX инквизиционных судов — священных трибуналов, непосредственно подчиненных папе, а на местах отданных в руки нищенствующих монахов, преимущественно доминиканцев. В ряде стран, например, в Испании, Франции, Италии, инквизиторы на время сделались сильнее епископов. В случае неповиновения инквизиции проклятие грозило и светским властям. Как и приказывали папы, в руках инквизиторов «меч не высыхал от крови». Смрадные тюрьмы, чудовищные пытки, изощренные издевательства, костры (ауто да фе, дословно — «дело веры») становились все более привычными в христианском мире, который забыл о евангельской проповеди любви к ближнему. Ненависть инквизиции нередко обрушивалась на ученых, философов, художников, в творчестве которых церковь усматривала опасные для себя ростки свободомыслия. Особый размах инквизиция приобрела в позднее средневековье с его печально знаменитой «охотой на ведьм».
В разные моменты истории средневекового общества отношения между официальной и народной религиями принимали различные формы, но их взаимодействие оказывало влияние на развитие каждой из них. Порой оно выливалось в резкие антагонизмы. Расхождение официальной и народной религий в Западной Европе начинает особенно обостряться с XI в., когда в связи с общим подъемом общества происходит оживление и углубление народной духовной культуры, усиление поисков путей к социальной справедливости, которые прежде всего звучали в проповеди «святой бедности» и возвращения к «евангельской простоте». Клюнийская реформа и создание нищенствующих орденов были стимулированы не только состоянием и перспективами церкви, но и влиянием народных умонастроений, осуждавших коррупцию и «обмирщение» церкви. Однако восприятие церковью элементов народной религии могло «мирно» продолжаться лишь до определенного предела, который, по-видимому, был достигнут в Западной Европе в XII—XIII вв. Народная религия в ее наиболее последовательных и радикальных формах замкнулась в ересь. На устах у всех была «госпожа Святая Бедность», которая превратилась в идеал плебейского равенства.
Ереси развитого средневековья носили ярко выраженный социальный характер. Их можно подразделить на два типа: те, что были порождены нарастающим протестом горожан против феодальных порядков, так называемые бюргерские ереси средневековья, и крестьянско-плебейские, отражавшие настроения наиболее угнетенных, беднейших слоев феодального общества — городского плебса, и малоимущего крестьянства. Первые требовали очищения церкви, возвращения ее к первоначальной простоте, упразднения духовенства как особого сословия, связанного с господствующими слоями общества, противопоставляли «истинную народную веру» официальному учению церкви, в котором усматривали ложь и заблуждение. Вторые были более радикальными. В итоге они требовали имущественного равенства и отмены наиболее ненавистных феодальных порядков и привилегий. Следует отметить, что и в бюргерских ересях всегда в той или иной мере присутствовал этот радикальный социальный «подтекст», носителями которого были самые обездоленные их приверженцы. Плебейско-крестьянские ереси нередко становились знаменем массовых антифеодальных выступлений, крестьянских восстаний средневековья.
В XII в. большое распространение получила ересь катаров («чистых»), которой был охвачен весь юг Франции и отчасти области Северной Италии. Это было учение манихейского толка, абсолютизировавшее роль зла в мире, который они считали порождением дьявола. Катары отвергали установления общества, государство и особенно церковь. Они провозгласили своими целями чистоту жизни и духовное совершенствование, одоление плотских желаний и страстей. Во главе их общины стояли «совершенные», которые отреклись от всех мирских соблазнов, поручили себя единственно заботам о приближении царства света.
К учению катаров была близка ересь вальденсов или «лионских бедняков», также возникшая в Южной Франции. Петр Вальд, ее основатель, называл церковь «бесплодной смоковницей» и призывал упразднить ее. Вальденсы отвергали насилие и в связи с этим войну, суд, смертную казнь, религиозные преследования. Движение вальденсов в XIII в. распалось на два течения. Более умеренное пошло на союз с католической церковью. Представители радикального крыла позднее переселились в Германию, Австрию, Швейцарию, Чехию, Польшу, Венгрию. Ушедшие в Италию образовали там секту «ломбардских бедняков».