В конце XII — начале XIII в. ересь альбигойцев (общее название катаров и вальденсов) получила такое распространение, что к ней примкнули многие феодалы юга Франции, в том числе и графы Тулузские. Тогда папа Иннокентий III призвал к крестовому походу против альбигойцев феодалов Северной Франции и других европейских стран, пообещав, что в награду им достанется имущество уничтоженных еретиков. Расправа с альбигойцами была неслыханно жестокой. Цветущий край Прованс превратился в пустыню.
Среди бюргерских еретических движений особое место занимают «интеллектуальные ереси», связанные с ростом европейского свободомыслия, подъемом городской культуры. Философский номинализм, пантеизм, стремление к рациональному обоснованию веры и другие поиски жаждущего раскрепощения разума были расценены церковью как посягательство на ее основы. Не случайно среди осужденных ею еретиков были выдающиеся умы средневековья: Пьер Абеляр, Сигер Брабантский, Амори Венский (Шартрский).
Своеобразное радикальное еретическое направление зародилось в среде францисканцев-спиритуалов — «фраттичелли». Они находились под сильным влиянием «Вечного евангелия» калабрийского монаха Иоахима Флорского. Историю человечества он подразделял на три эры: бога-отца, бога-сына и бога-духа святого, с которой он отождествлял время истинного христианства, свободы и счастья всех людей. Он утверждал, что последняя эра утвердится не на небе, а на земле. Этим его учение отличалось от многих других еретических воззрений. При жизни Иоахима Флорского его книга не была осуждена, ее взрывную силу церковь осознала лишь через некоторое время. «Вечное евангелие» было объявлено еретическим сочинением, и каждого, у кого оно было обнаружено, подвергали суровым гонениям, что, однако, не смогло воспрепятствовать образованию сект иоахимитов. Учение Иоахима Флорского развивал его последователь Петр Оливи. Он открыто призывал к выступлениям против церкви и социального угнетения. К расправе с «бедными братьями» и иоахимитами церковь привлекла инквизицию.
Из среды «братьев-апостолов» вышел народный проповедник Сегарелли, сожженный на костре в 1300 г. Его учеником был вождь крестьянского восстания в Северной Италии Дольчино. В движении Дольчино и «братьев-апостолов», в их идеях и деятельности с наибольшей полнотой отразилась та форма крестьянской, плебейской «святости», в которой реальная бедность крестьянских и плебейских масс превратилась в средство революционной дисциплины, необходимой для борьбы с существующим социальным строем.
С крупнейшим народным восстанием Уота Тайлера были связаны учения Джона Болла и «бедных священников» — лоллардов, в устах которых высказывания бюргерского ересиарха Уиклифа приобрели острую антифеодальную направленность.
Почвой для возникновения ересей средневековья был город, его непрерывно увеличивавшийся плебс. Отсюда они распространялись в крестьянские массы, выливаясь в открытые формы борьбы, которые, достигнув своего апогея, отпугивали горожан. Крестьянские восстания наиболее ярко раскрывали социальный характер еретических движений, под покровом которых постоянно тлела оппозиция феодальному строю.
Своеобразным водоразделом в истории католической церкви и папства стал понтификат Бонифация VIII (1294—1303). Бонифаций VIII снова подверг пересмотру каноническое право, которое еще больше должно было служить повышению престижа и влияния папской власти в Европе. В международных делах Бонифаций стремился выступать как верховный арбитр и вселенский государь. Универсальность и абсолютное главенство папской монархии над церковью и миром было подтверждено буллой 1302 г. «Unam sanctam», но в ней желаемое выдавалось за действительное. Отпразднованный при нем с невиданной пышностью «юбилей церкви» стал высшей точкой и в то же время началом заката папского могущества. Новая сила поднималась навстречу притязаниям папства объединить Европу под своим началом. Этой силой стали складывающиеся в Западной Европе централизованные государства, за которыми было будущее.
В конце XIII в. вспыхнул конфликт между французским королем Филиппом IV Красивым и папой Бонифацием VIII, закончившийся поражением папства. Папский престол занял один из французских епископов, а в 1309 г. резиденция папы была перенесена из Рима в Авиньон (на юге Франции). «Авиньонское пленение» пап продолжалось около 70 лет и завершилось в 1377 г. Французский король одержал победу в борьбе с папством, отныне ставшим орудием в его руках. Новый папа Климент V поддержал выдвинутые королем обвинения против духовно-рыцарского ордена тамплиеров (храмовников), отличившегося и накопившего огромные богатства в крестовых походах, и санкционировал расправу над ним, которая была вызвана политическими, а не религиозными причинами.
Антипапистские выступления, сливавшиеся с прежними имперскими притязаниями, продолжались в Германии и вылились в борьбу императора Людвига Баварского с папством.
