Большую роль в жизни древнерусского города играли монастыри, основывавшиеся главным образом князьями и боярами. Являясь с самого начала земельными собственниками, они не брезговали и торговыми операциями и были также идеологическими центрами. Здесь составлялись летописи, писались жития местных святых, существовали скриптории, готовились кадры для занятия епископских кафедр. В крупных городах, где было несколько монастырей, с помощью княжеской власти возникали архимандритии (центрами их становились наиболее сильные монастыри города), осуществлявшие руководство деятельностью других монашеских организаций.
Во второй половине XIV в. на севере Руси монастыри получили необычайное распространение, когда в сельской местности и в лесах на огромной территории от Москвы до Белого моря было основано выходцами из крестьян и горожан около 40 новых монастырей. Они внедряли интенсивное сельское хозяйство на основе использования дешевой рабочей силы и наряду с хозяйственной деятельностью выполняли идеологические функции.
Свои организации — клиросы — имели и городские церкви. Белое духовенство городов объединялось в клирос при церкви, в которой проводились ежедневные службы. В крупных городах было несколько таких соборных организаций (например, в Новгороде в XV в. — семь соборов). Члены клироса кафедральных соборов участвовали в поставлении священнослужителей, имели функции контроля за городскими мерами и весами, в XIV в. участвовали в суде.
Монголо-татарское нашествие и установление политического господства завоевателей над Русью изменило положение церкви. Она имела теперь дело не только с княжеской властью, но и с иноземными ханами. Признавая их, как «поставленных от бога», она за это сохранила в неприкосновенности свои владения, получила освобождение от собиравшегося завоевателями побора «выхода», от обязанностей давать войско для ханских походов, что вынуждены были делать князья. Таким образом, русская церковь, как и князья, также стала вассалом ханов, и ее иерархи получили возможность отстаивать свои интересы в Орде помимо княжеской власти. Это сделало их активными участниками политической борьбы на Руси в XIV—XV вв. Вместе с тем церковь в XIV в. нередко выступала и как идейный вдохновитель борьбы против ордынского ига, играла серьезную роль в сохранении и укреплении русской народности и в стремлении избавиться от иноверного и иноземного гнета. Так, один из ее крупнейших деятелей Сергий Радонежский, основатель Троицкого монастыря близ Москвы, как свидетельствует житийное сказание, благословил московского князя Дмитрия Донского на великую Куликовскую битву 1380 г., в которой ордынское войско потерпело сокрушительное поражение.
Миссионерская деятельность церкви была одним из средств включения соседних с русскими княжествами народностей в орбиту государственности при сохранении местных форм раннефеодальной организации и племенных князей. В 1207—1210 гг. приняли крещение часть Латгалии и Карелии, в 1227 г. была обращена в христианство почти вся Карельская земля. Принятие новой веры открывало перед «старейшинами» племен возможности поступления на феодальную службу Руси.
Активно вел христианизацию народа коми-зырян устюжанин Стефан, прозванный Храпом. Образованный монах, он не только выучил зырянский язык, но и создал для него особую (пермскую) азбуку и перевел на этот язык богослужебные книги. После прений с местными волхвами, проповедей и сожжения языческих молелен и идолов ему удалось добиться христианизации части края. В 1383 г. он был поставлен епископом новой Пермской епархии. Являясь одновременно наместником Московского великого князя в этом крае, он объединял в своих руках и светскую, и церковную власть, что способствовало успеху его деятельности. В XV в. пермские епископы уже сами вели миссионерскую деятельность за Уралом, в Западной Сибири.
Превращение на Руси христианства в господствующую идеологию приводило к тому, что выступления против существующего строя, как и на Западе и в Византии принимали форму ересей, антицерковных движений.
