Тех, кто пытался сопротивляться, заставили подписать составленные следователями протоколы допросов после избиений:
Обвиняемые находили многочисленные огрехи во вменяемых им прегрешениях. Так, например, когда Лозовскому указали на передачу американскому журналисту Гольдбергу якобы секретного материала о внешней политике Англии, подготовленного Научно-информационным институтом при отделе внешней политики ЦК ВКП(б) (институт № 205), тот настоял на вызове начальника этого института Н.Н. Пухлова, который подтвердил, что данный обзор составлен по материалам иностранной печати и поэтому никак не может быть секретным.
Таких проколов в следственном деле было множество.
Но главное состояло в том, что на суде обвиняемые, несмотря на то, что их ожидало потом в камерах, наотрез отказывались признаваться в шпионской деятельности. Между тем основополагающим камнем сталинской судебной системы являлось признание обвиняемыми своей вины. К этому судьи были не готовы.
Председательствующий на процессе генерал-лейтенант юстиции А.А. Чепцов со страхом увидел, что еще немного, и шитое белыми нитками дело окончательно треснет по швам. Ходивший гоголем Рюмин в перерыве судебного заседания с угрозой напомнил Чепцову о принятом Политбюро решении расстрелять всех обвиняемых, кроме Штерн. Чепцов об этом знал. Но его возмутила бесцеремонность Рюмина, допустившего в следственных действиях непростительные промахи. И то, что он постоянно козырял покровительством Сталина.
В конце концов Чепцов пришел к выводу, что «Дело ЕАК» надо отправить на доследование. Через семь дней слушаний, 15 мая, он прервал процесс и стал искать защиты от наглости Рюмина.
Сохранились письма Чепцова к генеральному прокурору СССР Г.Н. Сафонову, председателю Верховного суда СССР А.А. Волину, заместителю председателя Комиссии партийного контроля М.Ф. Шкирятову, Председателю Президиума Верховного Совета СССР Н.М. Швернику, заведующему административным отделом ЦК Г.П. Громову, секретарю ЦК П.К. Пономаренко. С аргументами Чепцова многие соглашались, ему сочувствовали. Однако курок пистолета был взведен не ими, и он неминуемо должен был выстрелить в затылок руководителям ЕАК.