Этот абсолютно вымышленный донос вместе с обвинением в «снисходительности» по отношению к ЕАК привел к свержению Абакумова. Новое руководство МГБ во главе с Игнатьевым сразу же получило из ЦК поручение начать расследование против заговорщиков среди врачей. В апреле 1952 г. у Рюмина в руках были «доказательства». Арестованный вместе с Абакумовым сотрудник МГБ М. Т. Лихачев, один из главных палачей ЕАК, после долгих допросов «вспомнил» о признании Этингера Абакумову в том, что он, движимый ненавистью, умышленно неправильно лечил А. С. Щербакова, что привело к его преждевременной смерти.
Корни обвинения в том, что наиболее видные врачи неправильно лечили руководителей государства, крылись в доносе, поданном в 1948 г. Правда, в нем было и зерно истины. В августе 1948 г. врач и осведомительница МГБ Лидия Тимашук послала начальнику охраны Сталина Н. С. Власику письмо, в котором критиковала методы лечения Жданова ведущими врачами как недостаточные. Врачи, в том числе В. Виноградов и Я. Этингер, действительно проглядели признаки инфаркта. Тогда органы проигнорировали обвинения Тимашук, она была даже уволена из кремлевской больницы. В ее сообщении, где не было речи ни о преступлениях евреев, ни об умышленно неправильном лечении, усмотрели всего лишь попытку добиться карьерного продвижения. Тем не менее ее письмо лежало в ящике стола Рюмина как часть собранных им документов, которые он намеревался использовать против своего бывшего шефа Абакумова. Но прежде чем Рюмин смог в 1952 г. использовать весь потенциал своей новой «информации», предстоял процесс против ЕАК.
22 марта 1952 г. МГБ и Военная прокуратура объявили следствие
31 марта 1952 г. М. Д. Рюмин утвердил обвинительное заключение против ЕАК. Мнимые указания на еще бблыиую группу заговорщиков, центром которого должен был быть ЕАК, учитывать не стали. 3 апреля С. Д. Игнатьев передал Сталину обвинение против «еврейских националистов, американских шпионов Лозовского, Фефера и других». Копии были отправлены Маленкову и Берии. Сопроводительная записка включала и предложение относительно приговора — всех обвиняемых расстрелять, только Лину Штерн осудить на 10 лет ссылки. Уже через день МГБ получило из Политбюро уведомление о согласии с обвинением, включая приговоры к расстрелу, с той лишь разницей, что Лину Штерн следовало сослать не на десять, а на пять лет.
Еще в апреле Верховный суд СССР постановил, какой судья должен вести процесс. Выбор пал на генерал-лейтенанта юстиции А. А. Чепцова, которого 21 апреля во время заседания Главной военной прокуратуры Советской армии информировали о процессе. Чепцов был опытным юристом и с 1926 г. непрерывно работал в Военной коллегии Верховного суда. Уже в 1949 и 1950 гг. он выносил смертные приговоры обвиняемым из ЕАК, и всякий раз с обоснованиями, которые формулировало обвинение. Кроме того, было принято решение, что в процессе не будут участвовать ни представители обвинения, ни представители защиты.
Как позже заявил Чепцов, Игнатьев еще до начала процесса информировал его о приговоре, который надлежало вынести.
Следователь МГБ по особо важным делам Кузьмин взял на себя составление этого документа1, Рюмин утвердил его. В нем говорится, что против С. Лозовского, И. Фефера, С. Брегмана, И. Юзефовича, Б. Шимелиовича, Л. Квитко, П. Маркиша, Д. Бергельсона, Д. Гоф-штейна, В.Зускина, Л. Штерн, Л.Тальми, И. Ватенберга, Э.Теумин и Ч. Ватенберг-Островской выдвинуто обвинение в совершении преступлений, предусмотренных ст. 58—1а, 58–10, часть 2, и 58–11 УК РСФСР. Эти статьи уголовного кодекса касались «попытки свержения, подрыва или ослабления Советской власти», агитации и пропаганды, а также организованной деятельности с этой целью. Возможным следствием всех названных «контрреволюционных преступлений» была смертная казнь.
Обвинение обосновывалось результатами следствия, в соответствии с которыми обвиняемые превратили ЕАК в центр шпионажа и национализма, руководимый реакционными кругами США. Главными ответственными за это назывались Фефер и Лозовский, а также умершие Михоэлс и Эпштейн, остальные числились «сообщниками». Главным преступлением было объявлено требование создания еврейской республики в Крыму в качестве «плацдарма» американцев.
