Христианство в конечном итоге было в той же мере несовместимо с национал-социализмом, как и с советским коммунизмом. 24-й пункт партийной программы говорил о принятии «позитивного христианства», но призывал церкви не допускать оскорблений «моральных чувств германской расы»69. Это предписание ставило моральные принципы партии выше морали всех религий. Эти принципы основывались на «признании и беспощадной эксплуатации железных законов природы»70. Высшим законом и «источником всего подлинного и истинного» была безусловная защита расы и ее крови. Мораль и истина были увязаны, по словам одного католика, наблюдавшего за ситуацией, «с расой и зависели от расы». Для «арийца» моральная уверенность его расы «была благом только для него самого»71. Огромное большинство германских теологов не хотели мириться с таким мировоззрением. Они вторили вслед за Карлом Бартом, что ни природа, ни наука не способны утверждать абсолютную мораль: «Только один Бог является Господом»72. 5 марта 1936 года Конфессиональная церковь обнародовала декларацию, отвергающую национал-социалистические претензии на «верховную власть и право последней инстанцией во всех сферах жизни», и вершить высший суд по своему усмотрению. Хотя декларация была запрещена гестапо, 700 пасторов осмелились зачитать ее, за что были арестованы73. Следующей весной папство издало энциклику, выражающую «страстное беспокойство» [Mit brennender Sorge], которая была зачитана во всех католических церквях 21 марта 1937 года. Большая часть декларации касалась нарушений Конкордата в отношении образования и религиозной свободы, спровоцированных партийными клерикалами («мы ожидаем полного прекращения антихристианской пропаганды»), вместе с тем энциклика отвергала национал-социалистическую позицию в отношении морали, утверждала абсолютный приоритет традиций естественного права и призывала католические общины восстановить «истину» и «чувство справедливости»74.
Гитлеровский режим отреагировал на моральный вызов церкви во многом так же, как это сделали советская власть и коммунистическая партия. С одной стороны, практика политических репрессий и прямого преследования перемежалась периодами политического благоразумия перед лицом широко распространенной веры; с другой – продолжалось прямое соперничество в области образования и пропаганды. По мере консолидации режима политические репрессии усиливались, и этот сдвиг был хорошо виден на примере судьбы Мартина Нимеллера. После первого ареста в январе 1934 года его вскоре освободили под давлением общественности. После блестящей проповеди, произнесенной им в Берлине 27 июня 1937 года, в которой он ясно подчеркнул, что долг христианина обязывает его «следовать воле Бога, а не человека», Нимеллера арестовали за антигосударственную деятельность; в марте 1938 года приговорили к семи месяцам тюрьмы, после чего Гитлер вмешался в ситуацию, чтобы проследить за тем, чтобы Нимеллера отправили в концентрационный лагерь, из которого ему посчастливилось выйти живым в 1945 году. На протяжении существования диктатуры оказались в тюрьмах или были расстреляны по обвинению в предательской деятельности более 6000 священнослужителей. Среди них были, как Нимеллер, бывшие члены партии75. Все церкви находились под постоянным надзором гестапо; в 1936 году был организован по образу советского ГПУ самостоятельный отдел по вопросам церквей, сект и масонов – «подразделение по делам религии». Начиная с 1938 года ведущую роль в попытке урезать все государственные финансовые субсидии церквям и ограничить их легальный статус и деятельность взял на себя Мартин Борман, глава партийной канцелярии и наиболее выдающийся атеист в рядах партии. Однако необходимость мобилизации церкви для поддержки военных усилий начиная с сентября 1939 года привела, как это происходило и в Советском Союзе после 1941 года, к некоторому политическому перемирию между церковью и государством76.