Положение многих советских евреев резко изменилось в 1930-х годах при Сталине. Здесь важно четко различать политику властей в целом по отношению ко всему населению, и политику, направленную в отношении конкретно евреев. В большинстве случаев советские евреи подвергались тем же, наказаниям, что и неевреи. В 1930 году была закрыта евсекция в партии, наряду с другими национальными партийными секциями, и большинство их руководителей позже погибли в процессе чисток. С окончанием НЭПа пришел конец и большей части независимого еврейского бизнеса и ремесленным мастерским, но это происходило не только с еврейскими предпринимателями. Усиление антирелигиозной кампании в 1929 году привело к закрытию 100 синагог и запрещению соблюдения дня отдохновения у еврейских рабочих; но были закрыты и христианские и мусульманские церкви и мечети, а рабочая неделя были изменена, чтобы предотвратить возможность соблюдать христианское воскресенье86. Евреи, арестованные или заключенные в тюрьму или убитые государством в 1930-х годах, преследовались как контрреволюционеры или реакционные националисты, наряду с миллионами неевреями. В населении ГУЛАГа в конце 1930-х годов евреи в действительности были представлены незначительно по сравнению с общим числом заключенных87. В 1928 году правительство приняло решение создать область специального расселения советских евреев в Биробиджане вблизи отдаленной советско-манчжурской границы в надежде на то, что это отвлечет евреев от мечты об обретении собственной родины и от их стремления в Палестину. Территория была суровой и необжитой, как и любая другая в Советском Союзе; для того, чтобы сделать эту малопригодную для жизни местность более привлекательной здесь была разрешена частная собственность на землю. Однако, вопрос о насильственной депортации или принуждения евреев переселяться в Биробиджан не ставился. Небольшая ручеек поселенцев начал прибывать, но к 1939 году на территории осело всего только 108 000 человек, многие из которых были неевреями, привлеченные перспективой свободного занятия сельским хозяйством. Перепись 1959 года показала, что только 8,8 % населения региона были евреями88.
Эта политика также стала результатом обстоятельств войны, которые спровоцировали режим на более агрессивный антинационализм, в первую очередь в отношении еврейской элиты в Советском Союзе, а затем – еврейского населения в целом, которое, как советские немцы или чеченцы, подпало под подозрение властей по политическим мотивам. Годы войны изменили ситуацию с советскими евреями жестоко и навсегда. В 1939 и 1940 годах Советский Союз получил дополнительно почти два миллиона евреев в Восточной Польше и Прибалтийских государствах. Это были области, где позиции сионизма были прочными, а еврейская культура пронизывала все. За менее чем два года Советской власти независимая еврейская жизнь была сведена почти до нуля: синагоги были закрыты, субботний день отдохновения официально не соблюдался, еврейские магазины и ремесленные мастерские были насильственно преобразованы в государственные кооперативы, а общественные ритуалы иудейской религии и семейной жизни были загнаны в сферу частной жизни и нелегальные молитвенные дома89. Тысячи раввинов, руководителей общин и интеллектуалов были арестованы или депортированы. По некоторым данным примерно 250 000 человек, депортированных из Восточной Польши, были евреями, некоторые из них были беженцами из западных оккупированных немцами частей Польши90. Когда в июне 1941 года началась война, многие евреи, число которых остается неизвестным, бежали из этих районов на восток с отступающими частями Красной Армии, но почти все, кто остался в гитлеровской оккупации, были убиты в процессе последовавшего затем геноцида. Когда Красная Армия вновь вошла в Киев в ноябре 1943 года, она обнаружила всего одного живого еврея. Когда в 1944 и 1945 года в города и деревни, когда-то оставленные ими, наконец, вернулись беженцы, еврейская жизнь в них полностью исчезла.
Во время войны Сталин использовал враждебность немцев по отношению к евреям в собственных целях. В августе 1941 года выдающиеся еврейские интеллектуалы создали собственный Еврейский антигитлеровский комитет, но его независимость и интернационализм показались слишком подчеркнутыми для полного недоверия и приведенного в боевую готовность режима. Два ссыльных польских лидера-еврея были похищены агентами НКВД; один покончил жизнь самоубийством в тюрьме, другой был расстрелян.
