От берега до берега, перегораживая залив, тянулись стальные сетевые боны, состоявшие из квадратных ячеек, каждая сторона которых равнялась четырем метрам.
Использовали немцы и другие сети — полегче, но не менее опасные: сигнальные. Эти сети устанавливались на подходах к портам, на фарватерах и в узкостях. В отличие от заградительной, такая сеть была не в состоянии удержать лодку на месте, но все равно навлекала на нее смертельную опасность, поскольку от воздействия на сеть автоматически зажигались специальные буйки, выделявшие густой дым. На этот сигнал тотчас спешили противолодочные корабли, и за субмариной начиналась охота.
В конце концов немцам удалось запереть Финский залив для советских субмарин, которые, естественно, не могли добиться результатов в таких условиях. Весной 1943 года удары советских лодок по коммуникациям в Балтийском море практически прекратились — до осени 1944 года. В этот период доставка руды из Швеции, а также торговые и военные перевозки в Германию снова были налажены и продолжались без помех.
Весной 1944 года в восточную часть Балтики Дениц направил подводные экипажи, прошедшие школу боев в Атлантике. До этого момента в течение двух с половиной лет здесь встречались только финские субмарины, которые в отличие от немцев не были столь агрессивны и настойчивы.
Первый фактический выход из Таллина в Финский залив немецкие подводники совершили 22 июня 1944 года. С этого момента столкновения с германскими лодками приняли более ожесточенный характер. Наиболее активно действовала в Нарвском и Выборгском заливах субмарина U-679 обер-лейтенанта Фридриха Бреквольдта. На нее долго охотились советские катера, впервые обнаружившие субмарину 14 июля у острова Руонти. Бреквольдт успел уйти, но на следующий день на мелководье снова попался. Сначала лодку атаковал торпедой катер ТКА-57 лейтенанта А. А. Машарова. Бреквольдт развернулся и стал уходить, отстреливаясь из 20-мм автоматов. Советская торпеда прошла мимо. В этот момент катера МО-104 старшего лейтенанта Н. М. Васильева и МО-105 старшего лейтенанта Г. А. Швалюка открыли ответный огонь по субмарине, попав прямо в рубку. Находившиеся там три немца погибли на месте. Однако U-679 уклонилась от второй торпеды и, продолжая отстреливаться, сумела уйти.
30 июля 1944 года в 12.42 в том же месте субмарина U-250 капитан-лейтенанта Вернера-Карла Шмидта потопила катер МО-105. Из 26 членов экипажа в живых остались семь человек. Взрыв привлек внимание находящегося поблизости катера МО-103 под командованием старшего лейтенанта А. П. Коленко. В 19.10 акустик катера доложил об установлении контакта с подводной лодкой. Пять глубинных бомб не нанесли U-250 серьезных повреждений, однако по воздушным пузырям на поверхности А. П. Коленко четко определил местоположение немецкой субмарины. Тотчас были сброшены еще пять бомб. Одна из них повредила лодку, и через большую пробоину хлынула вода. Субмарина начала быстро погружаться. Из 52 членов экипажа спаслось только шесть человек вместе с командиром, покинувшим U-250 в самый последний момент.
Советское командование решило произвести подъем затонувшей лодки, оказавшейся на глубине 27 метров. Немцы и финны делали все, чтобы не дать русским поднять лодку, поскольку знали, что на лодке есть опытные образцы новых акустических торпед. Финны подключили береговую артиллерию, немецкие катера сбрасывали глубинные бомбы на месте гибели лодки и даже пытались его минировать, но напрасно. В сентябре U-250 была поднята и отбуксирована в Кронштадт на экспертизу. Там на ней обнаружили торпеды Т-5, прозванные «Цаункёниг», или «Крапивник».
Позже с акустическими торпедами ознакомили британских моряков, и, когда Т-5 были запущены в серийное производство, английские конвои уже обзавелись устройствами-ловушками «Фоксер», позволявшими снизить возможные потери. Правда, применять «Фоксер» можно было на скорости не более 15 узлов.
5 августа U-679 снова появилась у советских берегов, только теперь в Нарвском заливе. В это время дивизион катеров-тральщиков проводил контрольное траление под охраной бронированного малого охотника БМО-522. Немецкая лодка, действовавшая очень дерзко, всплыла в 9.20 утра в трех милях от катеров и сразу начала их обстреливать из бортового орудия.
Отстрелявшись, U-679 ушла под воду, а через 28 минут снова всплыла, но опять под огнем охотника ушла на глубину. Когда через два часа БМО-522 снова обнаружил всплывшую лодку, прилетели два штурмовика Ил-2. Самолеты и катер сбросили бомбы по лодке, после чего на поверхности воды появились пузыри и масло. Через некоторое время самолеты снова отбомбились по масляному пятну, сбросил остатки запаса противолодочных бомб и БМО-522. Однако немецкая лодка осталась целой и практически невредимой, получив незначительные повреждения.