Ниндзя из Кога несколько отличались от своих соседей. Во-первых, уезд контролировало значительно большее количество кланов (дошедшие до нас реестры часто упоминают «53 рода Кога»), во-вторых, большинство из них были по своей сути как раз мелкими самураями-госи, а не крестьянами, как в Ига (где часто даже тюнины происходили из крестьян). Большинство этих родов считали себя вассалами рода Сасаки – владельцев провинции Оми. В XV веке они умудрились разгромить большое войско сёгуната Асикага, посланное против Сасаки. Вплоть до разгрома войска князя Сасаки армиями Ода Нобунага в 1570 году они, как правило, служили этому княжескому роду, а впоследствии различные отряды Кога-моно («людей из Кога») нанимались на службу к разным хозяевам, включая Такэда Сингэна, Уэсуги Кэнсина, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. Знаменитыми родами из Кога были собственно Кога, Мотидзуки, Утики, Угаи, Акутагава, Кино, Тоно, Нагано. Ниндзя из Кога нередко формировали целые ударные отряды (склонность действовать группами отличала их от соседей из Ига, начавших практиковать подобные действия гораздо позже, и не в таких масштабах), имевшие громкие названия – «Отряд летучий дракон», «Отряд белый дракон», «Отряд Фудзивара», «Отряд Тайра». Отряды «людей из Кога» состояли на службе у сёгуната также очень долго, вплоть до Мэйдзи – в качестве соглядатаев, полицейских агентов и т. д. В частности, именно ниндзя из Кога проникли в замок Хара во время Симабарского восстания (см. главу о христианстве в Японии).
Почему же именно в Ига и Кога, возникли самые мощные группировки ниндзя, и были ли центры ниндзюцу где-либо еще в Японии? Возможные ответы приводит в своей работе А. Горбылев: с одной стороны, эти местности провинции находятся рядом с историческим центром японской государственности, на перекрестье дорог, ведущих в Киото, Осака и Нагоя, и в то же время, в отличие от многих соседних провинций (таких как Ямато, Ямасиро, Овари), Ига и Кога не слишком плодородны, гористы, они были не слишком густо и очень неравномерно заселены и не представляли собой особо лакомого куска для крупных феодалов в эпоху Сэнгоку дзидай. То есть относительная экономическая отсталость Ига и Кога уравновешивалась близостью к важнейшим культурным центрам (отсюда возможность проникновения в среду местных ниндзя китайских военных трактатов, европейских технологий и т. д.). Неподалеку же часто селились корейские и китайские иммигранты, которых японские императоры и сёгуны селили поближе к столице. В окрестных горах и горных долинах Ямато, Ёсино, Кумано находились десятки обителей приверженцев различных школ эзотерического буддизма и особого учения