Важнейшей составляющей частью психофизической подготовки ниндзя была общая закалка организма и выработка пониженной чувствительности к боли. Практически это достигалось прежде всего с помощью элементарного закаливания организма путем ночевок в снегу, стояния под горными водопадами (и снова мы имеем дело с «творческой переработкой» приемов последователей
Многие авторы, писавшие на тему ниндзюцу, утверждали, что ниндзя намеренно тренировали особое умение выворачивать или вынимать свои конечности из суставных сумок, чтобы при необходимости вывернуться из веревок, которыми их связывали при поимке, или даже «удлинить на несколько сантиметров руку при ударе мечом» (А. Долин, Г. Попов). Относительно этого Хацуми Масааки пишет: «Говорят, что ниндзя способен выскользнуть из веревок, выворачивая суставы. Есть мнение, что поскольку мастера боевых искусств вряд ли захотят, чтобы их суставы были в таком состоянии, когда легко может произойти вывих, то они вряд ли будут пользоваться такими методами. Но тщательно проследите за выбором материала. Освободиться от крепко затянутой толстой веревки легче, чем от тонкой. Сначала раскройте свои связанные руки, используя их толщину, чтобы ослабить узел, затем просуньте через него большой палец. Повторные смещения суставов запястий, локтей или плеч нежелательны для мастера боевых искусств. Но иногда мастера могут успешно использовать этот метод. Некоторые думают, что ниндзя может перерезать веревку ножом, спрятанным в одежде. Однако такие действия привлекут внимание врага. Есть методы освобождения с помощью стрелы, ножа или ключа, а также с помощью животных».
Особым разделом в подготовке ниндзя можно считать тренировку органов чувств и развитие некоторых экстрасенсорных способностей. Конечно, достичь по-настоящему орлиного зрения днем или кошачьего ночью было непросто, но определенные комплексы упражнений для этого существовали. Между прочим, они, похоже, пережили собственно самих ниндзя и применялись в эпоху Токугава особыми агентами сёгунской и княжеской полиции. Вот как описывает современный японский писатель Фудзисава Сюхэй подобные тренировки в своем рассказе «Тигриное око» (сюжет рассказа построен как раз вокруг тайного приема ночных убийц, «ночью сражающихся, словно днем»): «Для овладения приемом нужно с младенчества учиться видеть предметы в темноте и неустанно тренироваться, делая выпады и поражая эти предметы деревянным мечом. И еще в предании говорилось: «Узри во мраке вещь, затем узри звезду, и вновь на вещь воззрись» ‹…› – Посмотрел на звезды? Хорошо, теперь посмотри вниз, на эти камешки. Камни тоже хорошо видны, так же, как звезды. Смотри хорошенько, пока не увидишь их так же ясно. – Хорошо, отец. – А теперь посмотри вот на этот кустик. Сколько листьев видишь? – Восемь. – Отлично, ты уже стал видеть больше, чем раньше. Ну, давай теперь опять на звезды погляди». Чаще всего эта техника называлась