Во время бунта выборных стрельцов, вспыхнувшего в дворцовом селе Чашниково на Клязьме, дело чуть было не дошло до убийства стрелецкого начальника. Причины этих волнений неизвестны, но с большой долей вероятности можно предположить, что одной из них стали личные качества головы, вскоре вновь оказавшегося в центре скандальной истории. В том же 1658 г. А.И.Левшин был послан «для стрелецкого выбора» в Двинский, Кеврольский и Мезенский уезды. Приведенные им в Москву новики били государю челом в том, что их голова «для своих больших взяток выбирал от одиноких людей, а семьянистых обходил». Розыск, учиненный по этой жалобе, подтвердил выдвинутые обвинения. В наказание с Левшина были правлены деньги, отданные челобитчикам, а его поместья и вотчины отписаны государю. Неизвестно, последовала ли за этим его отставка, но на страницах исторических документов имя головы московских стрельцов А.И.Левшина появилось лишь спустя шесть лет.
Нет никаких сведений и о времени основания новой стрелецкой слободы у Пречистенских ворот Земляного города. Д аже обязательный атрибут любой московской слободы — местный слободской храм — упоминается впервые только в начале 70-х годов. Сам же стрелецкий приказ Афанасия Левшина документально известен с осени 1664 г. В это время он находился на городовой службе в Севске.
В 1668-69 гг. приказ вновь нес службу на Украине. После возвращения из Киева в июне 1669 г. в селе Коломенском состоялась выдача жалованья левшинским стрельцам. В это время в десяти сотнях приказа числилось 4 сотника, 20 пятидесятников и 580 стрельцов, получивших за свою службу по полтора рубля. Сотникам было дано вдвое больше21.
В разгар бунта С.Разина, в марте 1671 г., приказ Левшина и четыре других приказа московских стрельцов были посланы для усмирения бунтовщиков в понизовые города с боярином и воеводой И.Б.Мило-славским. В столицу стрельцы Левшина вернулись к концу 1672 г., к которому относится первое упоминание об их приходском храме Покрова Пресвятой Богородицы, «вновь» обложенного данью в связи с возвращением из похода его прихожан Сам же стрелецкий голова жил в это время неподалеку от слободы своих стрельцов, на Большой Конюшенной улице (ныне Староконюшенный переулок). В боях с разницами приказ понес ощутимые потери. К маю 1675 г. в нем числилось всего 500 человек, хотя сам приказ относился к разряду семисотых *.
С этого времени сведения о дальнейшей судьбе местного стрелецкого полка и его командира отсутствуют. Вновь имя стольника и полковника А.И.Левшина появляется в документах, относящихся к 1682 г. Видимо, после бунта московских стрельцов Левшин, как это бывало в истории других полков, был опять возвращен в стрелецкие ряды. Полк, находившийся в это время в его подчинении, насчитывал 700 человек. В июле А.И.Левшин подал челобитную с просьбой о продаже ему лошадей, конфискованных у опального полковника М.М.Вешнякова. Столь прочное положение ветерана в дни всеобщей стрелецкой «шатости» можно объяснить лишь близостью полковника к князю И.А.Хованскому и его значительным авторитетом среди рядовых стрельцов. Однако вскоре после казни Хованских имя А.И.Левшина вновь исчезает из списка стрелецких командиров, но память о нем надолго осталась в названии Покровской церкви, что на Могильцах, более известной как в «Левшино».
Во второй половине 80-х годов командовал полком стольник и полковник Борис Степанович Щербачев ". Как и большинство других стрелецких начальников, в тревожные дни августа 1689 г. он со своим полком занял сторону царя Петра, явившись в Троицу к 1 сентября. Вслед за своим полковником в монастырь отправилась большая делегация выборных от всего полка, насчитывавшая 40 человек во главе с пятисотенным и двумя сотниками. Лояльность стрелецкого начальника государь отметил пожалованием ему небольшого поместья (109 четей пашни с 15 крестьянскими дворами) из числа бывших владений князя В.В.Голицына в Арзамаском уезде.
Сведения о службах полка в последние годы его существования немногочисленны. Местные стрельцы под командованием стольника и полковника Михаила Федоровича Сухарева28 приняли участие во втором Азовском походе в составе полка генерала П.И.Гордо на. После победоносного завершения кампании и триумфального шествия через Москву, состоявшегося 30 сентября 1696 г» царь Петр Алексеевич жаловал полковника М.Ф.Сухарева за победу над турками 30 червонцами и «косяком камки». Его же стрельцы, наряду с другими рядовыми участниками взятия Азова, получили от имени государя по золоченой копейке. Вскоре после этих торжеств полчане начали строительство новой деревянной Покровской церкви, освященной в 1697 г.