Многие стрельцы полка Ефимьева стали активными участниками августовских событий 1689 г. Накануне, по распоряжению Ф.Л.Шак-ло вито го, из Стрелецкого приказа в полк было передано 100 рублей. Эти деньги предназначались для вознаграждения нескольким десяткам стрельцов, которые должны были заступить на внеочередной караул на Лыковом дворе в ночь на 8 августа. Наиболее деятельными проводниками планов заговорщиков в полку были стрельцы Аброс-ка Петров и Мишка Шапошник. Последний появился среди ефимь-евских стрельцов незадолго до смуты. Ранее М.Шапошник нес службу в полку Л.П.Сухарева, где у него произошел конфликт с тамошними стрелецкими начальниками.
За несколько месяцев до перевода Шапошник известил вышестоящие власти о том, что пятисотенный Сухарева полка В.Бурмистров да пристав Я.Васильев «с товарищи» государево жалованье рядовых стрельцов и данные им «столы и погреба» продают на сторону. За этот извет пятисотенный избил Мишку самым жестоким образом и посадил его на цепь. Не убоявшись побоев, стрелец закричал «слово государево о шести стрельцах, которые кабаки откупают и табаком торгуют». Однако обязательного розыска по столь серьезному обвинению Шапошник так и не дождался. В.Бурмистров, использовав свое положение, на основании челобитной, поданной им от имени всего полка, первым добился ссылки стрельца с семьей в Ярославль. Но через неделю Шапошник самовольно покинул место ссылки и вернулся в столицу. По его челобитной, поданной на имя государыни-царевны, он был определен в полк Ефимьева.
К концу августа большинство стрельцов отмежевалось от заговорщиков. Вслед за своим полковником, повинуясь указам царя Петра, 31 августа в Троице-Сергиев монастырь прибыло 56 стрельцов полка Ефимьева во главе с пятисотенным Родионом Боровковым. Через несколько дней были взяты под стражу все полчане, причастные к заговору. И сентября за умысел убить государыню Наталью Кирилловну и ближних людей вместе с Ф.Л.Шакловитым сложил голову на плахе А.Петров. М.Шапошник был приговорен к битью кнутом и ссылке в Сибирь. Лишился своей должности и Р.С.Ефимьев, но его вина публично объявлена не была.
Видимо, в это время полк окончательно теряет свое привилегированное положение, а его почетный второй номер передается другому полку (в середине 90-х годов под этим номером значился полк Л.П.Су-харева). Однако, несмотря на все чистки, ссылки и казни, правительству так и не удалось искоренить до конца мятежный дух арбатских стрельцов. В последние годы завершавшегося столетия они вновь оказались в центре событий, предопределивших трагическую судьбу всего полка. В тревожные 90-е годы командовал местными стрельцами стольник и полковник Афанасий Алексеевич Чубаров, Это был опытный стрелецкий командир, отмеченный именным царским указом за успешные действия против крымцев под Киевом еще летом 1689 г41, Под его командованием полк принял участие во втором Азовском походе в составе полка генерала А.М.Головина и после взятия турецкой твердыни был оставлен в Азове на годовую гарнизонную службу.
Летом 1697 г, вместо ожидаемого возвращения в Москву полк получает приказ выступить в Великие Луки, а затем к польским рубежам на Белую. Поход, отягощенный различными служебными посылками и «всякими нуждами», растянулся почти на год. По пути некоторые стрельцы самовольно покинули полк и отправились искать правду в столицу, Среди беглецов наибольшей активностью отличился стрелец Васка Тума, через которого позднее стрельцы получили грамоту от царевны Софьи. Находившихся в Москве сослуживцев о послании государыни Васка известил 3 апреля 1698 г. Тума лично зачитал толпе, собравшейся у ограды церкви Николы «Явленного», переданное ему стрельчихами письмо. Он же доставил грамоту однополчанам, стоявшим в это время в Торопце. 6 июня послание царевны перед стрельцами четырех полков огласил пятидесятник Чубарова полка Артемий Маслов. Эти призывы пали на подготовленную почву. Договорившись стоять заедино, стрельцы двинулись с Двины к Москве.
