Весьма нерасторопно действовал глава Стрелецкого приказа и во время событий конца июля 1662 г. Властям было хорошо известно о настроениях, господствовавших среди черни. Постоянно растущие цены, непосильные поборы по случаю затянувшейся войны с Польшей доводили народ до отчаяния. Исподволь зревшее недовольство вырвалось наружу 25 июля. Чтение на Лубянке прохожими людьми «подметных листов», обличавших боярские измены, постепенно переросло в стихийный митинг, а затем и в массовое шествие к селу Коломенскому, где в то время находился царь Алексей Михайлович со своим двором. Все это происходило на глазах стрельцов Стремянного приказа, одна из слобод которого располагалась вблизи от эпицентра событий.
Только в полдень, получив вести от гонцов, в Коломенское двинулись первые стрелецкие приказы Семена Полтева и Артамона Матвеева. К загородной резиденции стрельцы прибыли в тот момент, когда к государю уже подступала новая толпа москвичей, требовавшая выдачи бояр-изменников. По приказу Алексея Михайловича подоспевшие стрелецкие подразделения совместно со стремянными стрельцами, находившимися при царе, принялись гнать и рубить безоружную толпу, Несколько сотен человек погибло под ударами бердышей и сабель. Более тысячи было схвачено и отправлено для дальнейшего розыска в Николо-Угрешский монастырь в сопровождении стрельцов Борисова приказа Бухвостова, прибывших в Коломенское вскоре после завершения бойни.
Не смогли пресечь стрелецкие власти и массовых беспорядков, вспыхнувших в самом городе. В ходе погромов, прокатившихся по Москве, были разграблены многие богатые дворы и торговые места. Лишь спустя некоторое время стрельцы шести приказов начали аресты участников бунта. Еще три приказа, располагавшиеся в Замоскворечье, вообще не были задействованы в наведении порядка в столице. И все же только благодаря лояльности стрелецкого гарнизона правительство смогло избежать более тяжких последствий народных волнений. Сразу же по окончании смуты государь щедро жаловал своих стрельцов, которым было дано «но киндяку, по вершку шапошному суконному, денег по 3 и по 2 рубли».
События начала 60-х годов значительно подорвали положение некогда всесильного боярина И.Д.Милославского. После его отстранения от управления государственными делами осенью 1665 г. ведать Стрелецким приказом был назначен думный дьяк Александр Степанович Дуров. За время своей службы в приказной администрации он приобрел значительный опыт руководства стрелецким ведомством, прослужив в нем в разные годы в должности дьяка более шести лет. Впервые при династии Романовых руководить столь важным государственным органом был поставлен человек, не входивший в число именитых вельмож.
Изъятие Стрелецкого приказа из-под контроля первых бояр стало одним из шагов царя Алексея Михайловича в его попытках внести некоторую стройность в деятельность высшей приказной администрации. В ее состав вводились незнатные, но проявившие себя перед государем лица, получавшие высокие должности в различных приказах. Им нереподчинялись несколько других однородных ведомств. Так в 1671 г. Посольский приказ, которому были подчинены девять других приказов, возглавил бывший стрелецкий полковник А.С.Матвеев, Другой стрелецкий командир, известный по событиям 1662 г., С.Ф.Полтев в чине думного дворянина ведал Рейтарским и Иноземским приказами с 1671 по 1676 г.
Одним из представителей этой когорты был думный дьяк Илларион Иванович Иванов, ведавший Стрелецким приказом и Устюжской четью с 1669 по 1676 г. За период его руководства в организационной структуре и деятельности Приказа произошли значительные изменения. Прежде всего, это касалось передачи ему в 1672 г. функций сбора
— по-с населения стрелецких денег и хлебных запасов. «Ведать тем сбором в одном Стрелецком приказе, чтоб им [стрельцам] в том лишния волокиты и убытков не было», — гласил царский указ10.
