Контроль над Стрелецким приказом и другими ключевыми ведомствами (приказом Большой Казны, Аптекарским Боярин князь я. кчеркасский
и Иноземским) в первые годы царствования Алексея Михайловича являлся главным камнем преткновения в борьбе за власть между соперничавшими боярскими группировками. После удаления из столицы Б.И.Морозова его давний недруг боярин Н.И.Романов добился назначения на эти посты своего сторонника боярина князя Якова Куденетовича Черкасского. Пользуясь сложившейся ситуацией, Н.И.Романов приложил максимум усилий для того, чтобы удалить из Москвы и другого своего конкурента — И.Д.Милославского, тестя Морозова и самого государя. Это требование поддерживали и многие стрельцы, недовольные снижением денежных и хлебных окладов.
Однако Алексей Михайлович, раздав стрельцам щедрое жалованье, внес в их ряды раскол и не допустил новых волнений. Не без подсказки сверху стрельцы Стремянного приказа подали царю челобитную с просьбой вернуть в столицу боярина Морозова. Вскоре после его приезда в Москву 31 октября 1648 г. князь Я.К,Черкасский был взят под домашний арест. Предпочитая действовать скрытно, Морозов, по словам современника, «дал де во всем владеть боярину Илье Даниловичю Милославскому», в ведении которого оказались на только традиционные важнейшие государственные посты, но и Рейтарский приказ, а позднее приказы Казенный, Счетный и даже Ствольный. Главой правительства Милославский оставался до осени 1665 г. При нем во второй половине 50-х годов штат стрелецкого ведомства был значительно расширен. Численность только одних дьяков достигла в это время четырех человек.
Вся административная жизнь столицы той поры была сосредоточена на Ивановской площади Кремля, где располагалось главное здание Приказов. На плане эти двухъярусные каменные палаты имели П-образную форму. Их внутренний двор выходил открытою стороною к Архангельскому собору, а фасад центрального корпуса был обращен на восток, в сторону Спасской башни. Здесь в середине столетия помещались Сибирский приказ, Большой приход и Казанский дворец. Северное крыло здания, внешней стороной обращенной к Ивановской площади, занимали Посольский, Рейтарский приказы, Новгородская четь, Разряд и некоторые другие ведомства.
Стрелецкий приказ располагался в угловой палате (7x6 саженей) южного крыла здания, тянувшегося по взгорью над берегом Моск-вы-реки. К ней примыкала «Черная палата» Стрелецкого приказа (5x6 саженей), в которой проводились розыски по различным делам и содержались подследственные. В 1663 г. под стражей в Черной палате находилось 46 человек, еще 54 сидело «за решеткою» в Стрелецком приказе. Над помещениями стрелецкого ведомства располагались палаты Иноземского и Челобитенного приказов, к которым со двора вели отдельные лестницы. Далее по южному корпусу следовали помещения Разбойного, Ямского и Пушкарского приказов.
Такой порядок размещения отдельных государственных учреждений просуществовал до весны 1670 г. К этому времени здание Приказов, построенное еще при Борисе Годунове, в конец обветшало и стало небезопасным для пользования. 14 марта последовал указ о переносе заседаний и всех дел в иные места9. Вплоть до 1677 г, чинам, служившим в Стрелецком приказе, приходилось довольствоваться отдельно стоящим зданием, примыкавшим со стороны Спасской улицы к Мстиславскому двору. Возможно, какие-то помещения были выделены стрелецким приказным людям и на Лыкове дворе близ Никольских ворот.
Медленное обрушение приказных палат было процессом частным, но весьма символичным. Постепенно ветшало все дедовское здание государственной власти в Московском государстве. На протяжении всего XVII века запутанная и закоснелая система приказной администрации, пораженная взятничеством и кумовством, не раз демонстрировала неспособность решать важнейшие государственные задачи. Подобное произошло и в середине столетия, когда казне потребовались дополнительные средства в связи с подготовкой к очередной войне с Польшей.
Нехватку отечественного серебра правительство попыталось восполнить выпуском в оборот медных денег, принудительно приравненных по курсу к серебряным. Очень скоро нашлись люди, разглядевшие в этом нововведении, возможность погреть руки, благо медь была материалом доступным. Под патронажем высокопоставленных особ казенный Денежный двор начал штамповать неучтенную медную монету по заказу частных лиц, поставлявших мастерам свой металл.
К концу 1660 г. модный рубль обесценился вдвое, а в 1663 г. за один серебряный рубль давали медью уже 12–15 рублей. Проведенное позднее следствие показало, что в этом «воровстве» имел свой интерес даже сам боярин И.Д.Милославский, но на этом дело постарались замять.
