Однако смертельный удар по Священной Римской империи нанес не акт учреждения Австрийской империи, а война Третьей коалиции 1805г. Армия Франца II была наголову разгромлена под Аустерлицем, а Вена захвачена французами. На стороне Наполеона в этой войне сражались войска Бадена, Баварии и Вюртемберга, что не вызвало отрицательной реакции в империи. Франц II был вынужден заключить с Францией Пресбургский мир, по которому император не только отказывался в пользу Наполеона и его сателлитов от владений в Италии, Тироля, Форарльберга и Передней Австрии, но и признавал за правителями Баварии и Вюртемберга титулы королей, что юридически выводило эти государства из-под власти императора и предоставляло им почти полный суверенитет. Австрию окончательно оттеснили на периферию Германии, а империя превратилась в фикцию. В 1803г. она безуспешно пыталась приспособиться к глубоким переменам, навязанным ей революционной Францией.
Как подчеркивал Наполеон: «
2 июля 1806г. австрийский посланник в Париже получил ультиматум Наполеона, согласно которому в случае, если Франц II не отречется от престола империи до 10 августа, французские войска атакуют австрийские владения. В Вене уже долгое время велись дискуссии о целесообразности сохранения Священной Римской империи в условиях абсолютного доминирования Франции в Германии. Возобладала позиция Штадиона, полагавшего, что существует серьезная опасность превращения империи во французский протекторат, и что сохранение Францем II имперского престола неминуемо повлечет войну с Наполеоном, к которой Австрия не была готова. Отказ от короны стал неизбежен. К началу августа 1806г., получив гарантии французского посланника, что Наполеон не наденет корону римского императора, Франц II решился пойти на отречение.
6 августа 1806г. Франц II объявил о сложении с себя титула и полномочий императора Священной Римской империи, объяснив это возникшей невозможностью исполнения обязанностей императора после учреждения Рейнского союза. Одновременно он освободил имперские княжества, сословия, чины и должностных лиц имперских учреждений от обязанностей, наложенных на них конституцией империи. Хотя акт об отречении не был безупречен с юридической точки зрения, в Германии уже не было политической воли поддерживать существование имперской организации. Священная Римская империя перестала существовать.