Уезжая в последний раз, я ждал разрешения и благословения старца на отъезд. Запряженные дровни уже стояли на дворе. Времени до отхода поезда оставалось мало, и я, признаюсь, стал уже нервничать, боясь опоздать. Двадцать пять верст, ночь, мороз, худая деревенская лошаденка - скоро ли довезет она! Но старец медлил. Я попросил хозяина напомнить ему о моем отъезде, но крестьянин с укоризной взглянул на меня, маловерного, усомнившегося. Старец тут же сидел у стола и как бы рассматривал будильник, стоявший перед ним. Я понял, что успеть на поезд уже невозможно, и думал с неудовольствием о тех последствиях, которые может вызвать в Москве мое опоздание. Время все шло. Вдруг старец взглянул на меня и ясно и твердо, как бы отвечая на мои беспокойные мысли, сказал: “Даю вам ангела в сопровождение. Ни о чем не беспокойтесь”. Время ли растянулось, дорога ли сократилась, но, к великому моему удивлению (и стыду!), на поезд я не опоздал».
К этому времени физическое состояние старца ухудшилось. Надежда Павлович так описывала его: «К 1925 году старец одряхлел, согнулся, ноги страшно отекли, сочились сукровицей (это - следствие бесконечных стояний на молитве). Лицо его утратило отблески молодости. Это всё вернулось к нему только во время предсмертной болезни. Он очень ослабел. Часто засыпал среди разговора». Но его высказывания по-прежнему были полны мудрости. Некоторые из них Надежда Павлович записала дословно: «В мире есть светы и звуки. Художник, писатель кладет их на холст или бумагу и этим убивает. Свет превращается в цвет, звук в надписание, в буквы. Картины, книги, ноты -гробницы света и звука, гробницы смысла. Но приходит зритель, читатель - и воскрешает погребенное. Так завершается круг искусства. Но так с малым искусством. А есть великое, есть слово, которое живит, псалмы Давида, например, но к этому искусству один путь - путь подвига»; «Нельзя требовать от мухи, чтобы она делала дело пчелы»; «Ко мне однажды пришли юноши с преподавателем своим и просили сказать им что-нибудь о научности. Я им и сказал: “Юноши, надо, чтобы нравственность ваша не мешала научности, а научность - нравственности”»; «Бог не только дозволяет, но и требует от человека, чтобы тот возрастал в познании. Господь изображается иногда в окружении в знак того, что окружение Божие разрешено изучать, а иногда в треугольнике, чтобы показать, что острия треугольника поражают дерзновенного, неблагоговейно касающегося непостижимых Таин Божиих».
В феврале 1928 года у 75-летнего отца Нектария началась тяжелая болезнь - выпадение грыжи. В апреле он уже слег и время от времени впадал в забытье. 12 мая к нему приехали его духовные чада - отец Адриан Рымаренко (впоследствии архиепископ Роклэндский Андрей, 18931978, основатель Ново-Дивеевского Успенского монастыря в США) с супругой, монахиня Мария из Гомеля, москвичка София Александровна Энгельгардт. Евгения Рымаренко так описывала последний день старца:
«Батюшка лежал покрытый новой простыней и белым вязаным платком. Отец Адриан с грустью увидел, что батюшка его не узнаёт. Он перешел в приемную и начал читать Псалтирь, которую всегда читали у батюшки. На шестой кафизме отца Адриана позвали к батюшке - помочь его переложить. Были София Александровна Энгельгардт и Мария Ефимовна. Отцу Адриану нужно было подложить руки под спину батюшки, кто-то держал голову. Когда отец Адриан приподнимал батюшку, он так ласково посмотрел на него и что-то прошептал; все видели, что батюшка узнал отца Адриана. Мария Ефимовна принесла два образа из приемной: великомученика Пантелеймона и преподобного Серафима и, указывая на образ целителя Пантелеймона, сказала: “Батюшка, благословите им отца Адриана”. Батюшка с трудом протянул руку, взял образ и положил его на голову отца Адриана. Потом отец Адриан попросил образом преподобного Серафима благословить всю семью нашу. Через несколько минут батюшка погрузился в забытье.
Всех позвали пить чай на половину хозяина (Андрея Ефимовича). Отец Адриан и София Александровна пошли. Вскорости вбегает Мария Ефимовна с криком: “Отец Адриан, идите скорее!” Отец Адриан бросился к батюшке. Уже обстановка у батюшки была иная: батюшка лежал, повернувшись к стене, покрытый мантией, горели свечи, рядом с кроватью на столике лежала епитрахиль и открытый канон на исход души. Отец Адриан увидел, что батюшка умирает, и начал читать отходную. Прочитал все полностью. Батюшка еще был жив. Отец Адриан, упав на колени, прижался к нему, к его спине под мантией. Батюшка дышал еще некоторое время, но дыхание делалось все реже и реже. Отец Адриан, видя, что батюшка кончается, поднялся с колен и накрыл батюшку епитрахилью; через несколько минут батюшки не стало. Было восемь с половиной часов вечера 29 апреля 1928 года».