Храм Николы в Кленниках имел давнюю и сложную историю. Деревянный храм на этом месте стоял начиная с 1468 года; каменный начали строить рядом в 1657-м, в 1690-м его перестроили, а в 1701-м - поновили после пожара. В 1749-м, после очередного пожара, возвели колокольню. Современный внешний вид храм приобрел уже в XIX столетии. В последний раз перед приходом в него отца Алексия он обновлялся в 1868 году. Но ничего выдающегося в нем не было - обычный небольшой московский храм, каких в городе были тогда десятки. Главной его святыней был пожертвованный в 1869 году московской почетной гражданкой Анной Васильевной Левиной список с чудотворной иконы Феодоровской Божией Матери.
Так же запутанна и история типичного для Москвы дополнительного названия храма - «в Кленниках». По общепринятой версии, так церковь называлась еще в 1490-х годах из-за обилия росших поблизости кленов. Однако в 1689 и 1698 годах название отмечено как «в Блинниках», в 1701-м - «в Клинниках». Название «в Кленниках» окончательно закрепилось в 1770-х годах.
Семья нового настоятеля заняла ветхий деревянный домик, стоявший во дворе храма. Окна выходили на соседние дома, поэтому в квартире всегда царил полумрак. В сильный дождь потоки воды, струившиеся вниз по Маросейке, заливали квартиру, а в церковном дворе застаивались такие лужи, что дети священника плавали по ним на досках. Такой убогий быт был характерен для бедных московских приходов.
Церковная жизнь также ничем не отличалась от обычной. Как и во всех малых приходах, храм имел одного священника (он же настоятель). Иногда в штате состоял диакон; псаломщик совмещал обязанности чтеца, певца, свещеносца, звонаря. Алтарничал в храме сторож, он же дворник. Богослужение совершалось не каждый день, а два-три раза в неделю. Храм вечно был полутемным, потому что освещался несколькими свечами и лампадами. Особенного религиозного рвения среди прихожан не наблюдалось. Ходили в церковь по воскресеньям, на праздники да если нужно было крестить, венчать или отпеть; по будням на богослужениях бывало по два-три человека, а иногда и совсем никого.
Мы не знаем и никогда не узнаем в точности, что именно подтолкнуло молодого отца Алексия изменить этот заведенный десятилетиями порядок. Но первое, что он сделал, став настоятелем Николы в Кленниках, - ввел ежедневное богослужение. Ежедневно приходил в храм к пяти утра, открывал его, сам начинал готовить все необходимое для Таинства Евхаристии. Затем -проскомидия, потом начиналась утреня, за которой батюшка сам и читал, и пел. За утреней следовала литургия. Позднее отец Алексий начал ежедневно служить праздничную всенощную святому, праздник которого отмечался днем. Такой порядок держался в храме с 1893 по 1919 год. По средам и пятницам служилась поздняя литургия. В среду отец Алексий служил водосвятный молебен перед иконой Феодоровской Божией Матери, в пятницу - перед иконами Казанской Божией Матери и святителя Николая Чудотворца, которого он называл «хозяином» своего храма. Кроме того, ежедневно служилась панихида, на которой отец Алексий обязательно вычитывал все поминовения, которые ему подавали.
По воскресным дням и праздникам батюшка произносил проповеди, к которым всегда тщательно готовился. Как правило, он говорил о житии дневного святого или Евангельском чтении дня. Проповеди молодого священника были просты и безыскусны, каждое слово было понятно любому пришедшему в храм, будь то купец, чиновник, студент или оборванец с близлежащего Хитрова рынка (там отец Алексий какое-то время проповедовал). Абсолютно новым для Москвы был также установленный отцом Алексием порядок исповеди и причастия. По старым городским традициям москвичи конца XIX столетия говели раз в год, Великим постом. А вот в Николе в Кленниках исповедаться и причаститься можно было каждый день. «Причащайтесь часто и не говорите, что недостойны, -убеждал батюшка прихожан. - Если ты так будешь говорить, то никогда не будешь причащаться, потому что никогда не будешь достоин. Вы думаете, что на земле есть хотя бы один человек, достойный причащения Святых Таин? Никто этого не достоин, а если мы все-таки причащаемся, то лишь по особому милосердию Божию. Но мы созданы для причастия, а причастие для нас. Именно мы, грешные, недостойные, слабые, более, чем кто-либо, нуждаемся в этом спасительном источнике... Я вас причащаю часто, я исхожу из того, чтобы вас приобщить ко Господу, чтобы вы почувствовали, как это хорошо -пребывать со Христом».
