Вначале А.С. Меншиков помогал морскому министру А.В. фон Моллеру, а затем был назначен начальником Главного морского штаба. Впрочем, этому предшествовал целый ряд примечательных как для флота, так и для самого Меншикова событий. Во-первых, был создан комитет по образованию флота, в котором светлейший князь генерал-адъютант А.С. Меншиков состоял пока в роли наблюдателя от лица императора. Новый орган выработал несколько законоположений по улучшению всех частей морского управления. В мае того же года состоялось утверждение «Положения о предварительном образовании морского министерства», которое заменяло Адмиралтейств-коллегию. В 1828 году был образован Морской штаб, переименованный в 1831 году в Главный морской штаб. Начальником его был назначен генерал-адъютант князь А.С. Меншиков. В состав Главного морского штаба вошли управления: генерала-гидрографа, дежурного генерала со всем подчиненным составом и ученый комитет. Адмиралтейств-совет, управления генерал-интенданта и генерал-штаб-доктора, а также вся хозяйственная часть были по-прежнему оставлены в ведении морского министра, должность которого после смерти адмирала Сарычева была поручена адмиралу А.В. Моллеру. На начальника Главного морского штаба было возложено доводить до императора сведения обо всех предметах, относящихся к военно-морским силам, и объявлять его повеления. Должность была чрезвычайно высока, так как именно начальник Главного морского штаба докладывал обо всех делах на военном флоте непосредственно императору, а также отдавал приказания в соответствии с распоряжениями царя. Таким образом, А.С. Меншиков фактически стал первым лицом в военно-морском флоте.
Морскому министру была сохранена власть, присущая общим учреждениям министерств, с присутствием, по-прежнему, в Государственном Совете, комитете министров и правительствующем сенате, с предоставлением права окончательного утверждения контрактов и условий на подряды и контракты, не превышающие 50 000 рублей ассигнациями. Сделано это было исключительно для того, чтобы обуздать аппетиты черноморской «мафии», которая отныне могла рассчитывать лишь на подряды в таких суммах. Отметим, что, как только Грейг был удален с Черноморского флота, ограничения на эту сумму были сняты.
В светских кругах столицы князь Меншиков слыл самостоятельным и независимым человеком, обладающим большим чувством юмора, и автором многих метких острот, которые до сих пор печатают в исторических изданиях. Кроме того, Меншиков обладал лучшей в России библиотекой, чему завидовали самые известные библиофилы.
Князь Меншиков был храбрым воином и достаточно талантливым военачальником. Так, в апреле 1828 года в связи с начавшейся войной с Турцией Меншиков, уже будучи начальником Морского штаба, отправился во главе десантного отряда в Причерноморье для осады крепости Анапа. За взятие вражеской цитадели ему присвоили звание вице-адмирала и наградили орденом Георгия 3-го класса. В июне того же года он возглавил отряд, действовавший при осаде Варны. Даже получив тяжелое ранение обеих ног, не покинул поле сражения, пока крепость не сдалась. За это ему был пожалован орден Александра Невского, а также подарена одна из трофейных турецких пушек.
Впоследствии в годы Крымской войны 1853–1856 годов Меншиков будет командовать Крымской армией и проведет несколько сражений с англо-французскими войсками. Современники и потомки были слишком предвзяты к нему. Да, Меншикову не удалось разгромить союзников при Альме, но и они не смогли разгромить русскую армию, а фланговый маневр после Альмы военные авторитеты сравнивают по гениальности с Тарутинским маневром Кутузова. До самого конца обороны Севастополя англичане и французы даже не помышляли атаковать нашу армию, чтобы отрезать город от остальной России. Крымская армия надежно прикрывала фланги, все время угрожая противнику. И если под Инкерманом наша армия не смогла нанести достойный удар союзникам, то в знаменитом Балаклавском сражении победа была все же одержана.
Но все это будет еще не скоро, а пока Меншиков вступил в поединок с Грейгом и его командой. Но одному драться тяжело, и Меншиков ищет и находит себе помощников — двух честных и храбрых офицеров — контр-адмирала Лазарева и флигель-адъютанта Казарского.
В начале 30-х годов в Николаеве решили, что теперь могут творить, что хотят. Терпение и сдержанность Николая I там расценивали как слабость, а кто считается со слабыми! Потеряв остатки бдительности, Грейг и его окружение стали совершать одну ошибку за другой и каждая из этих ошибок все ближе и ближе подводила их к краху.