Еще большим получился скандал с главным кораблестроителем Черноморского флота полковником Александром Кирилловичем Каверзневым, одним из талантливейших кораблестроителей своей эпохи. Поначалу отношения Грейга и Каверзнева складывались неплохо, но едва кораблестроитель уличил обер-интенданта Критского в воровстве ценнейшего подольского корабельного леса и попытке заменить его дешевым и некачественным маломерным, Грейг сразу же взял строну своего любимца. Каверзнева же огульно обвинили в «нецелевом» использовании леса и арестовали, сделав на него начет на 118 тысяч рублей, которые тот не мог бы выплатить и за пять жизней. Каверзнев потребовал объективного разбирательства. Инспекторский департамент Морского министерства очень быстро установил, что дело против Каверзнева сфальсифицировано. Испугавшись последствий, Грейг пошел на попятную, но Каверзнев заявил, что более служить с ворами не желает, и подал в отставку. Так как терять специалиста такого уровня Россия себе позволить не могла, Каверзнева высочайшим указом перевели подальше от Грейга — на Балтику, где его талант раскрылся в полной мере.
Еще более резонансным был конфликт Грейга с начальником штаба Черноморского флота В.И. Мелиховым. Василий Иванович Мелихов был не среднестатистическим офицером, а настоящим интеллигентом и интеллектуалом. Он много плавал, а помимо этого был сведущ в делах административных. В 1922 году Мелихов был уже начальником распорядительной части в канцелярии Черноморского департамента. Должность немалая, но и ответственная. Именно Мелихов предложил Грейгу создать Морскую библиотеку в Севастополе для занятия досуга офицеров. В 1826 году Мелихов предложил Грейгу создать первый на Черном море штаб флота.
Во время Русско-турецкой войны 1828–1829 годов Мелихов, как начальник штаба и «правая рука» Грейга, участвовал в осаде Анапы и Варны, возглавил отряд «охотников», который ночью на шлюпках отправился к крепости и неожиданно атаковал и захватил стоявшие под берегом турецкие суда. За захват этих 14 судов Мелихов получил от императора чин капитана 1-го ранга.
После окончания войны отношения между Грейгом и Мелиховым испортились. Официально из-за разногласия в распределении «призовых денег». На самом же деле — после появления в Николаеве Лии Сталинской, которая всеми силами старалась ему пакостить.
Конфликт между командующим и начальником штаба стал еще большим, когда Мелихов попытался доказать. Грешу, что его пассия чересчур сует свой нос в дела управления флотом. После этого Мелихов был фактически отстранен от всех дел и вынужден был искать защиты у князя Меншикова. В Петербурге Мелихов получил назначение на пост вице-директора инспекторского департамента Известно, что Мелихов долго и последовательно боролся против засилья Грегйа и его жены на Черном море. В частности, именно он спас от тюрьмы главного бухгалтера Черноморского флота Яцына и добился признания его невиновности. Вместе с Яцыным пытались снова вернуться к вопросу воровства Грейга, но Николай I их не поддержал.
В 18 31 году Грейг решается на совсем уж рискованный шаг. Он посчитал, что настала пора воплотить в жизнь его давнюю мечту — превратить Черноморский флот полностью в свою личную вотчину. Честно говоря, я не нахожу логичного объяснения этой выходке Грейга, ведь он был умный человек и просто не мог не понимать, что всему есть свой предел и этот предел он уже перешел. Но он все же делает этот шаг! Думаю, что просто к тому времени сам Грейг был уже чисто фиктивной фигурой, которая ничего не решала, и от него самого в черноморских делах ничего не зависело. Решение на фактическую самостоятельность от Петербурга приняла зарвавшаяся в своей безнаказанности «большая четверка» — Лия, Критский, Серебряный и Рафалович. Уверовав в свою безнаказанность, они потеряли чувство реальности, и это стало их роковой ошибкой.