Значительно превосходя своими организаторскими способностями окружавших его офицеров, Лазарев был всегда ценим начальством и, когда в 1813 году Российско-Американская компания обратилась с просьбой к морскому министру назначить офицера для командования новым компанейским кораблем «Суворов» в предстоявшем ему кругосветном плавании, был выбран именно он. Факт сам по себе поразительный, ведь опытных капитанов для столь трудного, но почетного мероприятия было предостаточно.
1 сентября 1813 года молодой офицер принял в командование свой первый корабль, который должен был доставить груз на остров Ситху через Северное море, Атлантический и Тихий океаны. Это первое кругосветное плавание Лазарева на Аляску, во время которого им были открыты необитаемые коралловые острова, названные островами Суворова, продолжалось без малого 3 года. Здесь заслуживает внимание и судебный процесс, выигранный лейтенантом против тогдашнего начальника колоний Российско-Американской компании коллежского советника А.А. Баранова. Самовластие Баранова заставило Лазарева самовольно оставить Ситху, под выстрелами батареи. Дирекция компании вначале протестовала против такого поступка, но потом, удостоверившись в крайнем положении командира и офицеров «Суворова», окончила спор отставкой Баранова с поста правителя Аляски. Трудности этого возвращения — без медика и суперкарго — показали решительный и твердый характер Лазарева и его глубокие познания в морском деле, что во многом способствовало его последующей карьере.
1 сентября 1816 года «Суворов» благополучно бросил якорь в Кронштадте, и Лазарев, сдав его компании, снова возвратился в разряд флотских офицеров. В 1817 году за выслугу на море 18 шестимесячных кампаний он был в соответствии со статутом награжден орденом Святого Георгия 4-го класса
Лето 1818 года лейтенант Лазарев провел на корабле «Память Евстафия» в плавании по Финскому заливу, а в 1819—1821 годах, командуя шлюпом «Мирный», участвовал в своем втором кругосветном плавании в экспедиции под командованием капитана 2-го ранга Ф.Ф. Беллинсгаузена, направленной для исследования Южного Ледовитого океана. Плавание это длилось 751 сутки, за время которых было пройдено 49 тысяч миль. Во время экспедиции, как известно, была открыта Антарктида, обойден вокруг Антарктический материк и нанесено на карту около 30 новых островов.
В связи с успешным завершением Антарктической экспедиции, принесшей блестящие научные результаты, лейтенант Лазарев 5 августа 1821 года был произведен через чин в капитаны 2-го ранга «за отличие» и пожалован пенсией по чину лейтенанта, а спустя год награжден еще и орденом Святого Владимира 4-й степени.
Назначенный 24 июля 1822 года командиром 36-пушечного фрегата «Крейсер», Лазарев почти сразу отправился на нем в свое третье кругосветное плавание — на остров Ситху, из которого возвратился спустя 3 года — 24 августа 1825 года. Вместе с «Крейсером» туда был направлен 20-пушечный шлюп «Ладога» под командованием капитан-лейтенанта Андрея Петровича Лазарева — старшего брата Михаила Петровича Русские корабли у берегов Аляски вели отчаянную борьбу с американскими и английскими браконьерами, хищнически бившими в наших водах пушного зверя и ведшими контрабандную торговлю оружием с туземными племенами. Во время этого плавания экипажем фрегата была также проведена и серия широтных научных исследований по океанографии и метеорологии.
Следует отметить, что уже в дальних плаваниях Лазарев формировался как создатель той особой школы обучения и воспитания, которая впоследствии, в период командования им Черноморским флотом, получила полное развитие, заслужив название «лазаревской». Вокруг него объединялись наиболее способные и инициативные молодые офицеры: на «Крейсере» — Нахимов, Путятин, Завалишин, позднее на «Азове» — Нахимов, Корнилов, Зовойко, Истомин.
Блестящий вид фрегата «Крейсер» при возвращении в Кронштадт после трудного и длительного похода, образцовый порядок на корабле вызывали всеобщее изумление. За успешное выполнение задач этого плавания Лазарев сразу же получил чин капитана 1-го ранга, орден Святого Владимира 3-й степени и был пожалован пенсией по чину капитана 2-го ранга.
А 27 февраля 1826 года он назначается командиром 12-го флотского экипажа и строившегося в Архангельске 74-пушечного линейного корабля «Азов». Изготовив его к плаванию, Лазарев приводит 5 октября того же года корабль в Кронштадт, 10 июня 1827 года в составе эскадры адмирала Д.Н. Сенявина Лазарев отправился на нем в Средиземное море.