Напомним высказывание уже упомянутого А. Прокопенко, бывшего руководителя Особого архива о том, что лучшая тактика скрытия секретных документов, это заявить, что они сгорели или их украли. Но с «сожжением» катынских документов ситуация стала еще более запутанной, когда выяснилось, что Хрущев весной 1959 г. не дал согласия на уничтожение учетных дел. Об этом авторам сообщил в феврале 2006 г. один из близких друзей А. Н. Шелепина, бывший второй секретарь ЦК Компартии Литвы В. И. Харазов. Многолетняя дружба Шелепина и Харазова достаточно подробно описана в книге Л. Млечина «Железный Шурик».
По словам Харазова, в начале 1960-х годов после ухода из КГБ, будучи секретарем ЦК КПСС, Шелепин в доверительной беседе заявил ему, что
Поводом для разговора друзей о «Катынском деле» послужила какая-то ситуация в Польше. Шелепин высказал серьезную обеспокоенность тем, что в результате непродуманного решения Хрущева сохранены документы расстрелянных в 1940 г. поляков, которые в будущем могут стать источником серьезных проблем для СССР. Харазов запомнил этот разговор, так как его поразило, что Шелепин говорил о расстрелянных пленных польских офицерах.
Считать, что катынские документы были уничтожены без согласия Хрущева только по личному распоряжению Шелепина, как утверждается в справке ФСБ, абсурдно. Надо помнить, что Шелепин был «выдвиженцем» Хрущева и зарекомендовал себя ярым его сторонником в борьбе против «антипартийной группы Молотова, Маленкова и Кагановича» в 1957 г. (Млечин. Железный Шурик. С. 118-128).
В конце 1950-х годов Шелепин был искренне предан Хрущеву и не предпринимал никаких серьезных действий без его согласия. Помимо этого Шелепин хорошо понимал, что в Комитете наверняка найдется «доброжелатель», который обеспечит поступление «наверх» информации о самоуправстве председателя.
Если бы Хрущев дал согласие на уничтожение учетных дел, Шелепин не позволил бы уничтожить их без акта и, как уже говорилось, лично проконтролировал бы исполнение. В то же время, как выясняется, вопрос уничтожения сверхсекретных катынских документов решался в КГБ на уровне работников архивной службы. Удивительно, но этот факт не вызвал вопросов у следователей Главной военной прокуратуры.
Проблематично полагать, что катынские документы уничтожили в период работы В. Е. Семичастного председателем КГБ. Известно, что А. Шелепин и В. Семичастный с комсомольских времен являлись очень близкими друзьями и жили в одном доме. Если бы учетные дела польских военнопленных были уничтожены при Семичастном, то Шелепин, вероятно, об этом знал бы. О доверительности отношений Шелепина и Семичастного свидетельствует тот факт, что Шелепин дал согласие на встречу со следователем ГВП РФ А. Ю. Яблоковым в декабре 1992 г. только в присутствии Семичастного.
Объяснить позицию Шелепина (соответственно, и Семичастного) во время беседы («допроса», как ее впоследствии представил Яблоков), когда они фактически подтвердили получение согласия от Хрущева на уничтожение катынских документов, несложно. Старые аппаратчики, повидавшие на своем веку много резких поворотов судьбы, предпочли в «неопределенном» 1992 г. придерживаться общепринятой версии. Тем более что она обеспечивала минимум вопросов.
Это подтверждает и поведение Шелепина и Семичастного во время допроса. Следователь Яблоков писал:
Кто дал указание об уничтожении документов по Катыни из архива КГБ и когда они были уничтожены - остается очередной катынской тайной.
Следствие длиной в 14 лет