Работы по устройству фундамента настолько подвинулись вперед, что уже 10 сентября 1839 года возможно было приступить к торжественной закладке Храма. На предназначенном для этой цели месте была устроена изящная палатка, а вокруг нее сформирована площадь и сделаны подмости для зрителей. Еще накануне, т.е. 9 сентября, были принесены к месту строения Храма хранившиеся в Успенском соборе вещи первой закладки Храма в 1817 году и после совершения Московским Митрополитом Филаретом молебствия с водоосвящением положены в перевезенный с Воробьевых гор тот же самый гранитный камень, в котором они хранились там с 12 октября 1817 г. по 20 июля 1838 года. В день закладки от Успенского собора до места, предположенного для сооружения Храма, стояли войска по всему направлению, назначенному для церемониального шествия. Перед окончанием литургии придворные чины, генералитет, сенаторы и чины гражданского ведомства собрались в Кремле, близ колокольни Ивана Великого. В половине 12-го приехал Император Николай Павлович со свитой, и тотчас же началось церемониальное шествие, направившееся через Тайницкие ворота по набережной до Кремлевского сада, потом около решетки до Боровицких ворот; от них - по Моховой и Пречистенке до места закладки. Во главе процессии шли инвалиды 1812 г., за ними - чиновники Комиссии для построения Храма, чины гражданского ведомства, сенаторы, генералы, участвовавшие в войне 1812 г., сто диаконов, двести священников и протоиереев, девять архимандритов, три епископа и Митрополит позади чудотворных икон Божией Матери Иверской и Владимирской. За Митрополитом следовал Государь в сопровождении Наследника Цесаревича Александра Николаевича, Великого князя Михаила Павловича, герцога Максимилиана Лейхтен-бергского, Эрц-Герцога Австрийского, принца Прусского (ныне царствующего Императора Вильгельма I), принца Нидерландского, Генерал-Фельдмаршала князя Варшавского, членов Государственного Совета, Министров, чинов двора и генералитета.
Когда процессия прибыла на место закладки, Высокопреосвященный Митрополит Филарет после водоосвящения произнес молитву на основание храма и обратился к Императору Николаю Павловичу с следующими словами:
«Благочестивейший Государь!
Есть для некоторых важных дел особенная судьба Провидения Божия, по которой одному избранному дается возвышенная мысль, а другому предоставляется величественное исполнение. В ожидании сего плотскому оку представляется, что дело не успевает: но пред очами Провидения оно преуспевает. Вместо одного избранного имеет оно двух; и сквозь одно дело просеивает много добродетелей: в предприемлющем не только доброе намерение, но и смирение, и терпение и покорность судьбам Божиим, когда он должен уступить другому исполнение, в исполняющем - не только благое делание, но и бескорыстие, великодушие, братолюбие, когда исполняем мысль другого как бы свою.
Так, Давид, благодарный Богу за утверждение своего царства, помышляет создать Ему храм в Иерусалиме и в сем утверждается в совещании с Нафаном. Мысль прекрасна; Пророк изобрел ее; Пророк одобрил: однако и два Пророка не угадали судьбы Провидения, пока она им не явилась. Исполнителем мысли Давидовой Бог назначает Соломона. «Той созиждет дом имени Моему и управлю престол его до века» (Царств. VII, 13).
Так, Александр Благословенный, благодарный Богу за спасение своего царства, помышляет создать для священных воспоминаний и благодарных молитв Храм Христу Спасителю в столице, бывшей всесожжением за спасение Отечества и возрожденной из пепла. Мысль его провозглашена; церковь благословляла начинание Благословенного. Ты, един из братии Его, стоял тогда подле Него: и - теперь мы видим, что Тебе еще тогда указал Вседержитель исполнить священный обет Державного Брата Державною рукою.
Итак, Россияне, мы в современных происшествиях читаем древнюю книгу Богоправимых царств! Священные времена проходят пред нами в деяниях наших Царей! Какое утешение для веры! Какая надежда для отечества!
Благочестивейший Государь! Да утвердится сердце Твое во Господе; да вознесется рог Твой в Бозе Твоем; Спаситель мира, спасший Россию, да благо поспешит Тебе создати сей Дом имени Его, и да управит престол Твой до века».
По окончании речи Государь собственноручно положил в прежний камень, вмещавший в себе предметы закладки 1817 г., крестообразную вызолоченную доску с вырезанной на ней надписью и две плитки протопоповского мрамора: одну - с Своим именем, другую - с именем Императрицы. Такие же плитки были положены Наследником Цесаревичем, Великим князем Михаилом Павловичем, Наследными принцами и Митрополитом. Кроме креста и каменных плиток положены в закладке золотые и серебряные монеты чекана 1839 г., именно: 30 полуимпериалов, 24 пятизлотника, 60 четвертаков, столько же двугривенных, пятиалтынных и гривенников.
