Был председатель ВЧК, но не было ни комиссии, ни ее аппарата. Из членов комиссии, утвержденных Совнаркомом на заседании 7 декабря, остались в ВЧК только Петерс, Ксенофонтов и Евсеев. Остальные в ближайшие же дни получили другие назначения. Нужда в кадрах была невероятно велика, и слишком мало было подходящих людей.
Все уже были куда-то назначены. Если старый подпольщик давал согласие на работу в ЧК, его приходилось «вырывать» через ЦК. Помогал Свердлов. Неожиданно пришлось столкнуться с трудностями морального плана.
— Понимаешь, — рассказывал Дзержинский Свердлову, — предлагаю товарищу работать в ЧК. Старый революционер, вместе в тюрьме сидели. И вдруг он мне заявляет: «Вы знаете, я готов умереть за революцию, но вынюхивать, выслеживать — извините, я на это не способен!». Я — способен, рабочие-подпольщики Петерс, Ксенофонтов, Евсеев способны, а этот интеллигент, видите ли, «не способен!» И не он один так заявляет.
В разгар революции все призабыли, что «пролетарский якобинец» имел шляхетское происхождение. Зато он имел трудовую биографию: работа в переплетной мастерской, на табачной фабрике в Нолинске, на швейной машине в Бутырках. Так 7 декабря 1917 года Дзержинский возглавил ВЧК. Еще раньше (в середине ноября 1917 года) Совет Народных Комиссаров утвердил Дзержинского членом коллегии вновь созданного Народного Комиссариата внутренних дел (НКВД).
В этот период предметом особой защиты Дзержинского как члена коллегии НКВД и члена ВРК было создание новой милиции. Старая милиция, организованная Временным правительством, воспринимала поддержку общественного порядка по-своему (действия большевиков могли расцениваться ею как беспорядки). 28 октября 1917 года был издан циркуляр НКВД об упразднении старой милиции и создании новой.
По вопросу об отношении к старой милиции наметилось две точки зрения. Командующий Петроградским военным округом Антонов-Овсеенко считал необходимым полностью упразднить институт милиции, а охрану общественного порядка осуществлять путем «всеобщего вооружения». Более того, он издал приказ об упразднении милиции. Дзержинский на заседании ВРК 19 ноября выступил против приказа Антонова-Овсеенко, расценив его как вмешательство в компетенцию Комиссариата внутренних дел. Он высказался против ликвидации милиции. 19 ноября Дзержинский переписал постановление ВРК о реорганизации охраны Петрограда, в котором говорилось:
1. Предложить всем районным Советам назначить комиссаров во все комиссариаты, где таковых не имеется;
2. Отстранить от должности всех милиционеров, не подчиняющихся Советской власти;
3. Организовать при Петроградском Совете рабочих и солдатских депутатов комиссию по организации охраны города из представителей районных Советов, центральной комендатуры рабочей Красной гвардии, с временным участием избранных от союза милиционеров товарищей.
Таким образом, постановление ВРК подтверждало возможность частичного использования старого аппарата милиции.
22 ноября Совет Народных Комиссаров на своем заседании обсудил доклад Ф. Дзержинского о реорганизации охраны и поддержании порядка в Петрограде. Дзержинский предложил ликвидировать Петроградское градоначальство и создать новый советский орган. Осуществление этой задачи Дзержинский рекомендовал поручить Клименту Ворошилову.
21 февраля 1918 года Совет Народных Комиссаров принял написанный Лениным декрет-воззвание «Социалистическое отчество в опасности!». Всем Советам и революционным организациям вменялось в обязанность «защищать каждую позицию до последней капли крови». Декрет предусматривал конкретные меры для отпора врагу и установления железной дисциплины и порядка в тылу Красной Армии. Пункт 8 декрета гласил: «Неприятельские агенты, спекулянты, громилы, хулиганы, контрреволюционные агитаторы, германские шпионы расстреливаются на месте преступления».
Дзержинский прочел декрет членам коллегии.
— Товарищи! Речь идет о коренном изменении прав и обязанностей ВЧК. До сих пор на нас возлагался только розыск и дознание. Вопрос о наказании преступников решался в народных судах и революционных трибуналах, куда мы передавали свои материалы. Теперь, поскольку именно ВЧК ведет борьбу с названными в декрете преступлениями, она наделяется теми карательными функциями, которые в нем предусмотрены. Беспощадно уничтожить врагов революции. И это должны делать мы.
С поправками объявление о создании ВЧК и появилось 23 февраля в «Известиях ЦИК».
В самом начале своего существования коллегия ВЧК демонстрировала великодушие. Например, после ликвидации монархического «Русского собрания» во главе с убийцей Распутина Пуришкевичем ВЧК не применило высшей меры наказания к Пуришкевичу, он был приговорен к 4 годам. Не был расстрелян и охотник за провокаторами, бывший народоволец, историк и литератор В. Л. Бурцев.