Царь был схвачен и насильно пострижен в монахи. Ничто не остановило народ, даже протесты Гермогена. И хотя Шуйский не был сильным царем, способным принимать твердые решения и сохранять в государстве покой, но при его правлении сохранялась, по крайней мере, видимость государственного порядка. С падением царя на Русской Земле воцарился хаос и беспорядок.
В Москве было создано временное правительство — Семибоярщина. Новоявленное правительство решило возвести на царский престол польского королевича Владислава.
И хотя Гермоген предупреждал всех о новых беспорядках, напоминая о действиях поляков при Лжедмитрии I, однако бояре больше боялись нового самозванца — Тушинского вора, поэтому согласились принять военную помощь от Польши. Но Гермоген и тут предъявил свои требования польскому королевичу: он согласился его помазать на царствование лишь с тем условием, что тот примет православие.
Это не помогло восстановить мир в русских землях. После присяги русского народа Владиславу польский король Сигизмунд почувствовал себя властителем Руси и перестал выполнять условия договора.
Гермоген стал объяснять православным людям, уже присягнувшим поляку-королевичу, что присяга возымеет силу лишь в случае принятия Владиславом крещения. Но одних слов было мало, поэтому Гермоген, освободив русский народ от присяги польскому королевичу, стал призывать к борьбе с оружием в руках.
Став главой ополчения, он выступал с проповедями за сохранение русской веры и русского единства. Сторонники поляков поняли, что патриарх может добиться своего, и тогда изменники Православия — бояре — напали на патриарха прямо в соборе во время богослужения. Гермогена лишили патриаршего сана, связали и переправили в Чудов монастырь, заключив там его под стражу. Место Гермогена вновь занял коварный Игнатий.
Святой старец, находясь в заключении, продолжал рассылать грамоты с призывом к русскому народу восстать против польских завоевателей.
Одна из грамот сохранилась и до наших дней, она была написана в августе 1611 года в большой спешке, но даже в ней звучит боль патриарха за Отечество и его страстное желание покарать изменников Православия: «Напишите в Казань к митрополиту Ефрему: пусть он отправит в полки к боярам и их казацкому войску учредительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство — на это я благословения не дам. Да напишите в Вологду к властям о том и к рязанскому владыке: пусть отправит в полки учредительную грамоту к боярам, чтобы уняли грабеж, сохранили братство и, как обещали, положить души свои за Дом Пречистой, так и исполнили. Да напишите во все города, чтобы сына Маринки не надо на царство; говорите везде от моего имени». Благодаря этому последнему посланию Гермогена образовалось новгородское ополчение во главе с Пожарским и Мининым, которое и освободило государство от иноземцев.
Великий патриот и святой отец Русской Земли не боялся пострадать за свою веру и за свой народ, поэтому изменники поняли, что сломить дух угодника
Божия невозможно, можно только лишить его жизни. Тогда они замыслили заморить его голодом. Гермоген так и не дожил до счастливого момента победы русского ополчения, скончавшись в заключении от голода. Он преставился 16 февраля 1617 года, напоследок наложив проклятие на изменников Отечества и благословив его освободителей. Радость ополченцев при взятии Москвы огорчала лишь весть о смерти святого старца и наставника всех православных людей.
Тело Гермогена было погребено в Чудовом монастыре, но в феврале 1652 года по велению царя Алексея Михайловича его с почетом перенесли в соборную церковь Успения Пресвятой Богородицы в Москве. Во время этой процедуры мощи святого были обретены нетленными и источали благоухание.
Священномученик Гермоген прославился как патриот своего отечества, поэтому русские православные всегда обращаются к святому с молитвами о помощи в годины тяжелых испытаний. Многие чудеса совершались у гроба святого, и по молитве ему больные исцелялись, русские войска одерживали долгожданную победу над завоевателями, а страждущие получали милость Божию.
Родился Прокопий в 1578 году в простой семье и с детства усердно помогал своим родителям в сельских работах. Когда ему исполнилось 12 лет, произошел несчастный случай: Прокопий отправился на работы в поле, но началась гроза, и молния ударила в землю рядом с отроком. Тот упал с лошади и остался лежать без чувств. Его привезли домой, Прокопий опомнился, но пребывал в исступленном состоянии — сдирал с себя всяческую одежду, бросал ее и оставался нагим. Родители долго были безутешны, но потом отвезли больного в Вятский монастырь Успения Пресвятой Богородицы. Над мальчиком совершили молебен, и он вновь стал здоров.
Спустя время Прокопий отправился в город Слободский к священнику церкви Святой великомученицы Екатерины, у которого и жил три года, исполняя всякую работу по дому, во все время оставаясь кротким и послушным.