Но Хрущев просчитался и на сей раз. Еще перед своей поездкой в Казахстан Пантелеймон Кондратьевич выяснил, что в республике сложилась практика, когда приходящие на руководящие посты представители Западного Казахстана тянули за собой земляков, естественно, вне зависимости от их заслуг и деловых качеств. Точно так же поступали и представители Восточного Казахстана. Это и было основным источником конфликтов и трений в руководстве республики. Пономаренко решил сыграть на этом обстоятельстве, а заодно и покончить с порочной практикой, которая создавала нездоровую атмосферу в республиканской и областных партийных организациях.
Выступление Пономаренко на съезде коммунистов Казахстана было коротким. Он подчеркнул, что перед партией, перед страной стоят большие стратегические задачи. Самая магистральная среди них — предстоящее освоение целинных земель. Новые задачи требуют нового стиля и методов руководства. А партийное руководство республики предпочитает работать по старинке, административными методами. У товарища Шахмаятова и многих его коллег есть одно преимущество. Они местные, казахи. Ну а мы, русские, посланные Центральным Комитетом партии, также имеем одно преимущество. Мы знаем про вашу традицию: приходит человек из Западного Казахстана — подбирает и расставляет кадры из Западного Казахстана, приходит из Восточного — действует таким же образом, по принципу землячества. А для нас — вы все равны. И будем дружно трудиться и с товарищами из Западного, и с товарищами из Восточного Казахстана.
Пономаренко говорил «мы», потому что прибыл в республику с кандидатом на пост второго секретаря компартии республики Леонидом Ильичем Брежневым. Тот после смерти Сталина также был сильно понижен в должности, но затем сумел найти подходы к Хрущеву. Никита Сергеевич, почувствовав амбициозность и, вместе с тем, угодливость Леонида Ильича, предпринял хитрый маневр — приставил Брежнева к Пономаренко с тем, чтобы он присматривал за действиями своего прямого начальника. А заодно и дал понять, что положение Пономаренко не так уж прочно, и что Брежнев вполне может рассчитывать на его место. Леонид Ильич при всей своей кажущейся мягкости и уступчивости был человеком угодливым и тщеславным — другой бы в начавшуюся хрущевскую оттепель высоких постов не достиг. Сохраняя внешне лояльность своему непосредственному начальнику, он в то же время передавал в Москву информацию, которая могла ему навредить. Очень уже хотел Леонид Ильич стать первым, да и вообще подняться как можно выше по карьерной лестнице.
С Брежневым, кстати, Пономаренко работал довольно слаженно. «Леонид Ильич, — вспоминал он, — считался тогда человеком с открытой душой, был компанейским: на охоту — пожалуйста, на рыбалку — пожалуйста, по бабам — пожалуйста… Вот только я никогда не видел, что он что-нибудь читал…». Пантелеймон Кондратьевич пытался приобщить его к чтению серьезной, в том числе научной литературы, но все было бесполезно. Брежнева интересовало совсем другое — он любил комфорт, красивые безделушки, стал первым в Казахстане, у кого в квартире появилась большая ванна, где он нежился после напряженного рабочего дня. Короче, любил пожить в свое удовольствие и давал также пожить и другим. Душа-человек. Только вот часто его личная доброта вредила интересам дела. Но на это хрущевское руководство обращало все меньше внимания, так что путь к вершинам власти Леониду Ильичу был открыт.
Результаты тайного голосования на съезде, а затем на организационном Пленуме ЦК были для Пономаренко и Брежнева благоприятными. Они прошли на свои планируемые посты единогласно. Когда об этом сообщили Хрущеву, он долго не мог поверить и, несмотря на свои известные чувства к Пономаренко, был вынужден поздравить его с большим успехом. Однако своих попыток расправиться с ним не оставил.
Вскоре по ряду безошибочных признаков Пантелеймон Кондратьевич понял, что из высшего партийного руководства его убирают. Дело в том, что телефонные звонки членов Президиума из Москвы стали идти напрямую второму секретарю республиканского ЦК Брежневу, что было нарушением сложившейся субординации и означало, что Пономаренко впал в явную немилость. Вскоре ему уже напрямую позвонил Молотов и сказал, что Пантелеймону Кондратьевичу предстоит заняться зарубежной работой, связанной с Варшавским Договором. Это было непонятно: ведь в Варшавском Договоре верховодили военные, и неясно было, какую ему там должность могли предложить.