Арестованных голландцами китайцев и аборигенов стали освобождать, а их конфискованное имущество – возвращать. Кроме того, Хамада получил 11 184 таэлей серебром и примерно 7194 кг шелка. Однако сразу же после отъезда Хамады Питер Нуйтс нарушил достигнутую договоренность, приказав захватить два японских судна и арестовать их экипажи.
Опасаясь преследований голландских властей, находившиеся на Тайване японцы, так и не получившие свободы торговли, в июле 1628 года покинули остров. В ответ на эти враждебные действия в 1629 году Япония запретила торговлю с Нидерландами. Существовавшая с 1589 года голландская фактория на острове Хирадо была закрыта и частично разрушена самураями. Многих находившихся в Хирадо и Нагасаки голландцев арестовали. Доставленных Хамадой из Зеландии заложников посадили в тюрьму, где трое из них (в том числе Лоренс Нуйтс, сын Питера Нуйтса) умерли в конце 1631 года.
Боясь окончательно потерять японский рынок, Ост-Индская компания решила пойти на уступки. Питера Нуйтса схватили и выдали японцам. 11 сентября 1632 года его доставили в Японию, где он несколько лет просидел в тюрьме (его освободили лишь 5 июля 1636 года, и он вернулся в Голландию, где и умер 11 декабря 1655 года).
Кроме того, учитывая враждебное отношение японского правительства к христианам, Ост-Индская компания фактически прекратила обращение в христианство, широко практиковавшееся на Тайване до 1631 года.
Главным же фактором, способствовавшим смягчению позиции сёгуна по отношению к голландцам, было очередное обострение начавшейся задолго до этого борьбы Японии с Испанией и Португалией. В 1628 году испанцы напали на японских торговцев в портах Сиама. В ответ правительство Японии конфисковало три испанских и один португальский галеон.
Решив воспользоваться сложившейся ситуацией, Ост-Индская компания направила в Японию посольство во главе с родившимся в Брюсселе Франсуа Кароном. Тот должен был добиться возобновления торговли и признания прав на Тайвань. Взяв с собой ценные подарки, в том числе пользовавшиеся большим спросом в Японии шелк и ртуть, голландские послы 31 августа 1635 года прибыли в Хирадо. Однако, несмотря на явное улучшение японско-голландских отношений, переговоры затянулись. Голландцы объясняли это тем, что «японцы люди гордые, не сносят обиду, которую им наносят, но умеют это хорошо скрыть и до поры до времени таят желание отомстить». Тем не менее богатые подарки различным чиновникам, в частности губернатору Хирадо (ему подарили голландскую шляпу), сделали свое дело. Губернатор ускорил аудиенцию посольства у сёгуна. Посетив последнего в Эдо, Франсуа Карон принес ему многочисленные извинения за тайваньский инцидент 1628 года и преподнес корону и канделябры европейской работы.
Продолжавшееся сближение Японии и Голландии привело к тому, что, признав в 1640 году японского императора формально своим сюзереном, Ост-Индская компания получила монопольное право на торговлю с Китаем, а Испания и Португалия окончательно были выдавлены с японского рынка.
В свою очередь, Япония пошла навстречу Голландии и не возобновляла своих претензий на Тайвань. Это облегчило голландцам борьбу за Тайвань с их главным конкурентом – Испанией.
Испанцы познакомились с Тайванем и островами Пэнху еще в конце XVI века. Уже тогда, заинтересованные в торговле с Китаем, испанские власти на Филиппинах проявляли повышенный интерес к Тайваню.
Первая неудачная попытка испанцев обосноваться на этом острове была предпринята доном Хуаном Замадесом еще в 1593 году. Несмотря на неудачу, испанские власти продолжали внимательно следить за политической ситуацией, складывающейся вокруг Тайваня. По мнению испанской администрации, занятие острова Японией позволило бы ей захватить в свои руки торговлю китайским шелком и перерезать коммуникации между Манилой и Макао.
Появление на Тайване голландцев заставило губернатора Филиппин Фернандо да Сильву принять контрмеры. Он решил создать испанскую базу на Тайване в противовес Зеландии. Судя по его письму королю Филиппу III, Сильва опасался, что укрепившиеся на острове голландцы будут контролировать внешнюю торговлю Китая.
