Все это привело к тому, что вместо помощи из Манилы пришел приказ, отзывавший с Тайваня три из четырех находившихся там отрядов испанских войск. Взамен Коркуэра прислал лишь восемь солдат, немного оружия и продовольствия. Такая позиция манильских властей решила судьбу испанской колонии на Тайване.
3 августа 1642 года голландский флот в составе четырех фрегатов и десятка более мелких судов подошел к форту Санто-Доминго, гарнизон которого состоял из 12 испанцев, 8 лусонцев и 40 туземных лучников. Несмотря на упорное сопротивление, форт пал, после чего часть его защитников отошла к Сан-Сальвадору. Голландская артиллерия с господствующих высот обстреливала Сан-Сальвадор, и после семи суток непрерывной пальбы он был взят 26 августа 1642 года.
Победители захватили богатые трофеи: 40 пушек, оружие, амуницию, различных товаров на 500 000 песо и 25 000 песо серебром. Пленных отправили в Батавию, а затем отпустили в Манилу.
Таким образом, голландской Ост-Индской компании удалось установить свое господство на Тайване и устранить своих основных соперников – японцев и испанцев. Однако победа голландцев оказалась непрочной, ибо население острова не покорилось иноземному господству. В горах против захватчиков начали сражаться туземные племена.
Испанцы почти не оставили на острове существенных следов, а вот голландцы установили систему налогов, открыли школы и церкви во многих деревнях аборигенов.
Обосновавшись вокруг гавани в городе Аньпин, они смогли установить торговые отношения с племенем сирая и деревней Саккам. Вскоре началась война между различными группами деревень народности сирая – деревня Синкан (Синьши) против Мадоу, потом в войну включились и другие деревни.
Мадоу была одной из центральных деревень народности сирая, население которой во многом определяло колониальную политику голландцев. Она была самой сильной и вступила в войну против других деревень сирая.
В 1629 году голландский отряд, отправившийся в поход против ханьских пиратов, был уничтожен жителями Мадоу (тогда было убито 35 солдат). После этого против голландцев выступили и другие деревни. В 1635 году голландцы прислали подкрепление из Джакарты и сожгли Мадоу. Другие группы аборигенов сразу стали предлагать голландцам мир. Это привело к консолидации аборигенов и прекратило войны между деревнями.
Голландцы в период мира стали строить школы и церкви, пытаясь обращать аборигенов в христианство. Они ввели письменность для аборигенов на языке сирая. Плюс они организовали заготовку оленьих шкур, которые поставляли аборигены для китайских торговцев, но к 1642 году потребность в шкурах резко уменьшилась. Аборигены, чтобы обеспечить себя, вынуждены были менять род деятельности и заниматься сельским хозяйством.
В это время стали появляться группы китайских поселенцев, занимавших плодородные земли. При этом те китайцы, которые селились в деревнях сирая, назначались голландцами для административной деятельности и сбора налогов.
Система голландского управления ворвалась тяжким бедствием в жизнь разобщенно существовавших поселений китайцев на Тайване. Началась их борьба с колонизаторами.
В 1652 году на Тайване произошло восстание китайского населения под руководством Го Хуайи. Это было выступление китайских фермеров против голландского владычества, и оно возникло из-за недовольства высокими налогами, а также из-за вымогательства со стороны чиновников и военнослужащих. Восстание сначала набирало силу, но было подавлено коалицией голландских солдат и их союзников-аборигенов.
В 1661 году китаец Чжэн Чэнгун, более известный в европейских источниках как Коксинга, поднял еще одно восстание на острове. 30 апреля 1661 года он с 25 000 солдат осадил главную голландскую крепость Зеландия.
Голландская крепость пала 1 февраля 1662 года, и остров попал под власть Чжэн Чэнгуна. При этом он отпустил командовавшего обороной шведа Фредерика Койета и прочих защитников с миром.
