Помимо этого, Ма Инцзю выступал с резким осуждением военных преступлений Японии в Китае в годы войны. В отношении событий прошлого он говорил, что «нужно простить, но не забыть» те беды, которые принесла китайскому народу японская агрессия.
Многие аналитики тогда посчитали избрание Ма Инцзю новым вызовом для японско-тайваньских отношений, призывая готовиться к серьезному изменению геополитической обстановки. Это и понятно, ведь Гоминдан, обладая большинством в парламенте, мог поменять политическую ориентацию Тайваня. И практически сразу после вступления в должность Ма Инцзю произошел ряд событий, заставивших Японию почувствовать опасения по поводу худшего для нее сценария развития отношений с Тайванем. Прежде всего, во время инаугурационной речи в мае 2008 года Ма Инцзю, говоря о приоритетных направлениях внешнеполитического курса Тайваня, упомянул только Соединенные Штаты, ничего не сказав о Японии. А в июне 2008 года произошел инцидент с тайваньским рыболовецким судном, которое было задержано вблизи спорных островов японским патрульным катером. Несмотря на это, Ма Инцзю многократно заверял японских коллег в том, что будет проводиться «дружественная Японии» политика и он лично станет поддерживать развитие двусторонних контактов. Он также подчеркивал, что нормализация отношений Тайваня и КНР совершенно не исключает развития отношений с Японией. И все же в японских политических кругах возникло недоверие к новому лидеру Тайваня, так как его сближение с материком было сочтено чрезмерно быстрым.
Следует отметить, что Ма Инцзю избрал политику, которую можно охарактеризовать фразой: «Китай и Тайвань – не отдельные государства». Со своей стороны, Япония не раз напоминала Тайваню о том, что плодотворное сотрудничество между двумя сторонами может быть продолжено только при определенной независимости острова от КНР.
Во время визита председателя Гоминьдана У Босюна в Японию в декабре 2008 года была озвучена позиция Тайваня в плане развития отношений с Японией. Они были названы «особыми партнерскими отношениями», тогда как ранее они определялись как «дружеские отношения» и «отношения стратегического партнерства».
Япония сначала рискнула еще больше разозлить Пекин, пригласив несколько тайваньских официальных лиц принять участие в церемониях, посвященных землетрясению и цунами, разрушившим северо-восточную часть острова Хонсю 11 марта 2011 года. Это решение резко контрастировало с тем, что Тайвань не был включен в список стран, получивших благодарность за помощь в предыдущем году. Но соглашение, подписанное 10 апреля и разрешившее тайваньским траулерам вести промысел в водах, прилегающих к архипелагу Сенкаку (Дяоюйдао), ознаменовало потепление отношений между Тайбэем и Токио. На следующий день глава администрации береговой охраны Тайваня заявил, что любое китайское судно, замеченное в водах, подпадающих под действие соглашения, будет выдворено.
Япония смотрела на отношения Тайваня с материковым Китаем и старалась по возможности не допускать их сближения. И что для этого можно было сделать? Например, во время кризиса 2008 года Япония помогла стабилизировать экономику Тайваня, став его основным инвестором и кредитором. А в стратегическом отношении Япония продолжала играть важную роль в поддержании «неопределенного» статуса Тайваня. Ее вполне устраивало балансирование между равно выгодными для нее связями с КНР и КР. При этом в Японии понимали, что объединение Тайваня с материковым Китаем разрушит островную линию, образуемую Алеутскими островами, Курилами, собственно Японией, островами Рюкю, Тайванем, Филиппинами и островом Борнео, что сделает невозможным блокирование продвижения ВМС КНР в зону Тихого океана. Остров Тайвань в этой схеме рассматривался как важнейшая часть морских коммуникаций Японии и по-прежнему представлял жизненно важный интерес для Японии.
А в начале 2013 года давление и посредничество Вашингтона сыграли немаловажную роль в заметном улучшении отношений между Тайбэем и Токио.
В целом же можно сказать, что первые пять лет президентства Ма Инцзю привели к ослаблению позиций Тайваня перед лицом ирредентизма Пекина.
