Фридрих II недолго пробыл в Иерусалиме. Тревожные известия о мятежах в его итальянских владениях заставили императора поторопиться с возвращением в Европу. Оставив для охраны города небольшой гарнизон из тевтонских рыцарей и отдав распоряжение восстановить башни и крепостные стены, император вернулся в Акру. Там в это время патриарх Герольд вместе с тамплиерами собирал ополчение, готовясь от имени папы взять под охрану Иерусалим, а затем выступить против дамасского эмира, так и не признавшего подписанный договор. Фридрих воспротивился этим планам, а Герольд отказался подчиниться отлученному от церкви императору. Ситуация в самой Акре была неспокойной: местная знать была оскорблена тем, что с ней не посоветовались при подписании соглашения; венецианцы и генуэзцы были недовольны преференциями, которые получили от Фридриха их давние конкуренты пизанцы; а население оказывало все более активное сопротивление императорскому гарнизону.
Дабы укрепить свой авторитет, Фридрих публично призвал всех горожан, прелатов, баронов и паломников поддержать его действия, одновременно пожаловавшись на упорное противодействие патриарха и ордена Храма. Однако призыв остался втуне, и Фридрих прибег к насилию: он приказал солдатам закрыть городские ворота для врагов, в том числе и тамплиеров, а также блокировать патриарший дворец и замки храмовников. Он даже собирался похитить Пьера де Монтегю, великого магистра тамплиеров, и Жана д’Ибеле-на, лорда Бейрутского, но у обоих была хорошая охрана, и замысел провалился. Необдуманно назначив блюсти свои интересы бальи (управляющего), чьи тесные отношения с его оппонентами заведомо обрекали Фридриха на поражение, и, уничтожив все оружие, которое могло попасть в руки врагов, император готовился отплыть на 1 мая. На рассвете, когда он со свитой пробирался из своего дворца в гавань по улице Мясников, горожане забросали его кухонными отбросами, выразив таким образом презрение к императору.
По возвращении в Италию Фридриху неожиданно легко удалось разрушить планы папы римского — намного легче, чем подавить сопротивление папских сторонников в Заморье. Осаждавшие Капую папские войска под командованием двух ветеранов, Жана де Бриенна и кардинала Пелагия, отступили и разбежались, как только узнали о приближении армии Фридриха, спешившего на помощь осажденным. Жан де Бриенн был вынужден поспешно бежать в свою родную Шампань. А тамплиеры, активно поддерживавшие папские действия в Сицилии, поплатились за это — они потеряли свои дома и земельные владения. К тому же Фридрих заставил освободить более сотни пленников-мусульман, удерживаемых храмовниками и госпитальерами, причем без всякой денежной компенсации.
Главным даром Фридриха Святой земле было освобождение Иерусалима, но сам Иерусалим оставался стратегически крайне уязвимым и, по сути дела, «открытым городом». Имперская администрация и оставленные войска во главе с маршалом Ричардом Филангьери вели непрерывные войны в Палестине и на Кипре с тамошними баронами, которых возглавлял Жан д’Ибелен. Номинально иерусалимский трон принадлежал Конраду, сыну Фридриха II и королевы Иоланты. Но, даже достигнув совершеннолетия, Конрад не счел нужным отправиться на Восток, чтобы взять в руки бразды правления, что дало местным дворянам повод окончательно выйти из повиновения и изгнать Филангьери из Тира. Высший совет Иерусалима назначил регентшей Алису Кипрскую, но фактически королевство перешло под олигархическое управление группы франкских вельмож, которая страстно и даже фанатично стремилась следовать духу и букве закона. Ни в каком ином тогдашнем христианском дворянстве так не культивировалось знание обычного права, как в Латинском королевстве. В заморских землях не было ни университетов, ни ученых, ни писателей, кроме Вильгельма Тирского. Вся интеллектуальная энергия как будто сконцентрировалась на изучении права.
В ситуации оформленной анархии, захлестнувшей Заморье, рыцарские ордена фактически вели автономную политику. Так, в северных районах в 1220—1230-е годы тамплиеры попытались расширить свои владения за счет территории Алеппо, опираясь на военную базу Гастон в Амманских горах. Они образовали полунезависимую область, где управляли по собственным законам, не слишком обращая внимание на мнение киликийских властей. Благосостояние и военная мощь тамплиеров в Сирии и Палестине также заметно возросли благодаря тому, что местные феодалы, чьи владения теперь сосредоточились вокруг приморских городов, уже не могли самостоятельно охранять свои удаленные замки и передавали их рыцарским орденам. Например, в 1186 году Маргаб, одна из самых крупных и мощных сирийских крепостей, была продана ордену госпитальеров, поскольку у бывшего владельца не имелось средств для ее содержания и защиты.
