Подготовка к послевоенной чистке началась по испытанному в тридцатых годах методу — с идеологической войны. Начало этой войне положили два постановления ЦК ВКП(б): 1) "О журналах "Звезда" и "Ленинград" от 14 августа 1946 года; 2) "О репертуаре драматических театров и мерах по его улучшению" от 26 августа 1946 года. Своему тогдашнему первому помощнику по партии Жданову — Сталин предназначает роль главного ее организатора. Развернулась кампания по разоблачению "низкопоклонников", "космополитов", "перерожденцев" в литературе, искусстве, философии и истории. Основной дух всей кампании удар по "западникам". Основной лозунг — возрождение необольшевистского "славянофильства" об "исключительности" и "приоритете" русских во всех науках. Но кампания вовсе не задумана во имя русскости и только для идеологического фронта. Вернее будет сказать, что она задумана не столько из-за мнимых "космополитов", сколько для создания общей психологической атмосферы в стране для большой чистки на верхах партии, армии и государства. Но пока чистка успела выйти из идеологической сферы, умер Жданов (1948 г.). Это самым серьезным образом расстроило планы Сталина, но не приостановило их. Кончается лишь первый, ждановский этап. Начинается второй этап (19491952 гг.), на котором Сталин роль Жданова в идеологии, по всей вероятности, предназначал Суслову (выступление Суслова в газете "Правда" в декабре 1952 года против Вознесенского, Федосеева и, косвенно, против Шепилова). На этом втором этапе раздвигаются и рамки идеологической чистки (в языковедении поход против учеников акад. Марра, в физиологии — поход против учеников акад. Павлова, в политэкономии — поход против друзей Вознесенского, в агрономии — поход против врагов Лысенко). Тут Сталин открывает и первые карты — чистка переходит туда, куда она метит с самого начала: в области партийной, военной и административной жизни. Происходят снятия, переброски и аресты руководящих деятелей партии и армии Укажем на наиболее яркие факты.
1. Арестовывается ленинградское партийное руководство, включая и члена Политбюро Вознесенского (кроме него, Кузнецов, Родионов и др.).
2. Сменяется московское партийное руководство (Попов и др.).
3. Снимают с ведущих постов известных военачальников второй мировой войны во главе с уже опальным к тому времени маршалом Жуковым; командующего военно-морскими силами адмирала Юмашева (назначается вице-адмирал Кузнецов); командующего военно-воздушными силами маршала авиации Новикова, потом маршала авиации Вершинина (назначается Жигарев); командующего бронетанковыми войсками маршала Богданова (назначается генерал-лейтенант Радзиевский); командующего артиллерией маршала Воронова (назначается маршал Неделин); начальника Главного политического управления генерала Шикина (назначается Желтов).
4. С начала 1949 года все члены Политбюро снимаются с самостоятельных министерских постов: Молотов (заменяется Вышинским), Булганин (заменяется Василевским), Каганович, Микоян, Косыгин заменяются второстепенными чиновниками. Берия освобожден от прямого руководства над НКВД еще в 1945 году. Ворошилов не занимал самостоятельного поста уже с 1940 года, замененный тогда Тимошенко. Хрущев и Маленков были членами Секретариата ЦК, Андреев был выведен из секретариата ЦК еще в 1947 году и формально считался председателем Комиссии партийного контроля при ЦК. Но все они, кроме Хрущева, числились в почетном "институте заместителей" Сталина по Совету Министров СССР, то есть были "министрами без портфелей".