В пирамиде было найдено пять погребальных комплексов, каждый из которых (начиная с четвёртого этапа) сопровождался богатыми дарами (обсидиан, жадеит, морские раковины, керамика), а также жертвоприношениями людей и священных животных (пум, волков, орлов). Большинство жертв ограничивали в движении — их связывали и либо умерщвляли, либо просто оставляли умирать (животных оставляли в клетках). Почти все принесённые в жертву люди являлись пленниками из других районов — так Теотиуакан демонстрировал свою военную мощь. Ни одно из данных захоронений не является царским погребением. Скорее всего, они знаменовали начало нового этапа надстройки пирамиды и были так или иначе связаны с военной тематикой. Все погребения после проведённых ритуалов засыпались. Захоронения 2, 3 и 4 располагались на уровне земли прямо на вулканической осадочной породе, которую в Мексике называют тепетате, а Захоронение 6 — приблизительно на уровне середины пирамиды.
Захоронение 5, найденное в 2001 году, пока является самым высокостатусным среди обнаруженных. Датируется оно 350 (+/-50) годом и относится ко времени окончания пятого либо начала шестого этапа строительства пирамиды — скорее всего, захоронение являлось одновременно как терминационным ритуалом предыдущего строения, так и посвятительным подношением будущего. К тому же, как выяснилось, оно располагалось строго по центру строения шестого этапа. Со всех сторон яма, длина сторон которой равнялась 6 м, была выложена каменными блоками в стиле талуд, поэтому площадь расположенного на глубине 3,5 м дна оказалась меньше. Там обнаружили останки трёх знатных мужчин-чужеземцев, сидящих в «позе лотоса» со сложенными руками поверх ступней — в иконографии Месоамерики такое положение характеризует исключительно божеств или правящую элиту. Все трое устремили свои взгляды на запад. Они достигли почтенного для того времени возраста: 50—60, 45—55 и 40—45 лет. У двоих из них черепа были деформированы, а с третьим неясно, так как его останки плохо сохранились, однако зубы у него оказались инкрустированы украшениями, в то время как у других умерших такого не отмечено. Двое из них носили схожие украшения из жадеита и определённой разновидности халцедона, поставляемой из долины Мотагуа. У каждого имелось по паре больших круглых ушных вставок, ожерелью из 21 крупной бусины (одна из которых, вероятно, была помещена умершему в рот — до этого момента в Теотиуакане не находили подобных крупных бусин, достаточно распространённого символа власти у майя) и кулону, обычно носимому правителями майя. Таким образом, одеяние и украшения двух захороненных особ указывали на их принадлежность к правящей элите майя. Третий умерший находился в стороне от остальных, у его правой руки располагался предмет, похожий то ли на скипетр, то ли на копьеметалку. Он носил два больших диска из раковин в качестве ушных вставок, а также ожерелье из обработанных раковин, выполненных в виде прямоугольных пластин и дисков с жадеитовыми вставками. Тела умерших сопровождали обсидиановые эксцентрики в виде людей, змей и лезвий. Подле людских скелетов были найдены кости их предполагаемых альтер эго — золотого орла и пум. В качестве подношений теотиуаканцы положили в погребение 323 обсидиановых изделия, жадеит и предметы из раковин — бусины, миниатюры, эксцентрики, наконечники, кулоны, лезвия и т. д. Ряд исследователей связали помещённый здесь обсидиан с тем, что был найден в тайнике поверх раннеклассической гробницы в майяском городище Альтун-Ха (Белиз) и, наряду с теотиуаканской по стилю, но изготовленной не в мегаполисе керамикой, может указывать на связи Теотиуакана с майя задолго до вторжения в Тикаль. В центре Захоронения 5 обнаружили жадеитовую фигурку человека со скрещенными ногами — возможно, умерших принесли в жертву во славу божества, которое представляла эта статуэтка. Обычно найденные в общественных зданиях жертвоприношения указывают на проведение некоей церемонии, запечатлевшей знаменательное событие. Вероятно, надстройка пирамиды Луны была связана с инаугурацией правителя и/или важными завоеваниями. Тем не менее, причина смерти всех троих мужчин пока остаётся невыясненной — их могли убить в конфликте, пленить и привести в Теотиуакан для жертвоприношения, а может быть, главный из них скончался естественной смертью и был захоронен с почестями, а двух других удостоили чести сопроводить его в мир иной. В любом случае, наличие в захоронении таких важных чужеземцев служило наглядным подтверждением политического и военного могущества теотиуаканского государства.
Зубные украшения индивидуумов Захоронений 4, 5 и 6 (пирамида Луны). Круги со сплошной заливкой — пиритовая вставка, круги с диагональными линиями — вставки из зелёного камня или жадеита. Рис. Грегори Перейра и Майкла Спенса
