Захоронение 6 окружено со всех сторон грубой каменной стеной. Это было углубление со сторонами 5х4,5 м и глубиной 2 м. Оно относится к четвёртому этапу строительства, найдено почти в центре соответствующего строения и, как и Захоронение 2, датируется III веком (250 (+/-50) год, что вполне соотносится с началом пятого этапа в 300 г.). Там нашли останки двенадцати взрослых мужчин в возрасте от 18 до 40 лет и большое количество принесённых в жертву животных (кошачьих, псовых и хищных птиц, возможно, орлов: всего обнаружено минимум 43 животных, в том числе 20 полных или почти полных скелетов, однако подсчёт костей продолжается, вероятно, число особей увеличится). У многих животных лапы, крылья и когти были вместе, вероятно, их связали. Останки поместили по углам и центру погребения. Всех найденных двенадцать человек, скорее всего, также принесли в жертву — руки у них были связаны за спиной. У десяти отсутствовали череп и первый затылочный позвонок — индикатор того, что людей обезглавили, когда тела были с плотью. К тому же их останки беспорядочно разбросали у северной стороны погребения. На них не было украшений. Другие две жертвы, в отличие от остальных, были богато одеты: у одного из них имелись две ушные вставки, ожерелье из бус и жадеитовое «шило», вероятно, предназначенное для проведения церемоний самопожертвования. Во рту у него нашли кулон и жадеитовые бусы. Вторую богатую жертву сопровождали «шило» для пускания крови, обсидиановый жертвенный нож, ожерелье из пластин ракушек и копии нижних человеческих челюстей, также выполненные из раковин. Они находились в центре захоронения. На дне погребения исследователи увидели резной рисунок из двух концентрических кругов, а также волнистых и прямых линий, исходящих радиально от центра. Строго поверх и в соответствии с рисунком найдены богатые подношения: 9 изогнутых обсидиановых ножей, 9 фигурок пернатых змей из обсидиана (эти 18 обсидиановых изделий были весьма большими — от 34 до 53 см в длину), мозаичную фигурку человека, выполненную из зелёного камня, фигурку из обсидиана, сланцевый диск зеркала с пиритовыми аппликациями. Вокруг теотиуаканцы разместили около 300 других изделий из обсидиана, а также раковины, керамику (семь сосудов Бога грозы) и ткани.
Таким образом, все погребения (за исключением Захоронения 4) имели схожие черты: принесённых в жертву людей, богатые подношения, имеющих отношение к военным орденам жертвенных животных, малое количество керамики. Что касается Захоронения 1, то это всего лишь посттеотиуаканское погребение новорождённого без каких-либо подношений. Его обнаружили у северо-западного угла пирамиды, поэтому оно не считается её погребальным комплексом.
Помимо захоронений в пирамиде Луны также находили отдельные кости и их фрагменты. Около 800 человеческих костей обнаружено в разных местах и слоях. Большая их часть, очевидно, случайно оказались в строительном материале, предназначенном для засыпания — вероятно, это потревоженные останки более ранних захоронений.
Многое из вышеуказанного стало известно благодаря интенсивным раскопкам внутри пирамиды, которые проводились с 1998 по 2004 гг. Археологи смогли тогда прорыть тоннель, имевший около 345 метров в длину — первый начали рыть с западной стороны на стыке
