Для реализации этих рекомендаций советским военным командованием одновременно с подготовкой войск к выводу из Афганистана был проделан огромный объем работы: разработан план создания концентрированной группировки вооруженных сил, обеспечивающей сосредоточение усилий в ключевых районах страны; во всех провинциальных центрах специально назначенными группами (от ОГ МО СССР, аппарата ГВС в РА, штаба 40-й армии) организовывалась их охрана и оборона с учетом предстоящего вывода советских войск; проводилась перегруппировка войск, в том числе и пограничных, и т. д. Предпринятые меры впоследствии положительно сказались на обеспечении устойчивости войск и удержании населенных пунктов. Например, правительству удалось сохранить свой контроль над Калатом (провинция Заболь) только благодаря заблаговременно переброшенной туда 6-й пограничной бригаде.
В то же время медлительность и непоследовательность в действиях афганского руководства привели к тому, что из некоторых «острых» районов пограничные части вывести так и не удалось (9-я птбр — Ургун). Не было произведено также дополнительное усиление столицы и ее пригородов за счет армейских частей. Но это вопрос особый, и на нем хотелось бы остановиться более конкретно.
Дело в том, что с приходом к власти Наджибуллы внутрипартийная борьба в партии не ослабла, а, наоборот, еще больше усилилась. Фракционизм в НДПА означал больше, чем соперничество между «Хальк» и «Парчам». Наряду с «традиционными» фракциями и кланами появились новые группировки, формирующиеся вокруг практически каждого члена Политбюро ЦК НДПА и преследующие свои корыстные цели. Все более возрастающую роль (и не только в партии) стал играть национальный фактор. Это делало партию еще более аморфной и рыхлой. В партийных организациях, в провинциальных и районных комитетах, в ЦК НДПА и его аппарате, и даже в Политбюро и Секретариате ЦК практически открыто стали выражать недовольство действиями Наджибуллы. Обвиняли его в том, что он «не может ясно сформулировать» тактику и стратегию НДПА в предстоящий период борьбы, расплывчато ставит задачи, не говорит правды о положении дел в партии и о ее будущем, ведет НДПА к политическому краху. Среди этих сил заметно активизировались сторонники Б. Кармаля, вышедшие из тюрем аминисты и др. Открытое недовольство кадровой политикой стали проявлять халькисты, группирующиеся вокруг видного члена Политбюро ЦК НДПА, секретаря ЦК НДПА С. М. Зерая, обратившегося в мае 1988 г. со специальным письмом в ЦК КПСС, которое стало достоянием Наджибуллы.
В то время как в рядах НДПА стали усиливаться разброд и шатания, Соединенные Штаты, в свою очередь, предприняли шаги по усилению помощи оппозиционным партиям.