После распада Варшавского договора Ахромеев разработал новую военную доктрину, соответствующую той политической обстановке. Доктрина была принята на государственном уровне. Раньше в случае войны оборонительным действиям отводился только их первый непродолжительный период, два-три дня, а затем планировалась наступательная операция. По новой доктрине оборонительной операции отводилось три-четыре недели. В 1988 году были проведены крупные учения под непосредственным руководством Министра обороны и начальника Генерального штаба по освоению новой военной доктрины. Тот год для Вооруженных сил стал переломным.
В этот период начинаются интенсивные переговоры с США по сокращению стратегического ядерного оружия, в этих переговорах маршал Ахромеев принимает активное участие. В течение 1988–1990 годов он провел шесть встреч с начальником генеральных штабов адмиралом У. Крау. На встречах с одной стороны — бе спорный защитник США и убежденный сторонник американского образа жизни адмирал У. Крау. С другой не менее убежденный сторонник социализма и защитник интересов Советского Союза С.Ф. Ахромеев. Оба несли немалую ответственность за формирование военной политики, а главное — за поддержание боевой гововности вооруженных сил своих стран. С.Ф. Ахромеев вспоминает: «Беседы наши проходили очень откровенно, порой остро и бескомпромиссно, но при этом неизменно корректно. Думаю, мы за эти годы хорошо познакомились со взглядами друг друга на мир и международную обстановку. Не боюсь преувеличения, это способствовало в определенной мере улучшению советско-американских отношений в целом».
В соответствии с договоренностями о военно-политическом сотрудничестве между СССР и США в 1990 году Академию ПВО в Киеве посетил начальник генеральных штабов США адмирал У. Крау. Его сопровождал советник президента маршал Ахромеев. После знакомства с руководящим составом, непродолжительной беседы в зале Ученого совета делегация осмотрела учебную базу. Затем в актовом зале была устроена встреча со слушателями и профессорско-преподавательским составом. Адмирал У. Крау прочитал лекцию о задачах военного блока НАТО на европейском континенте, в которой особое место отвел «миролюбивому» характеру этой военной организации. Маршал Ахромеев временами прерывал Крау и не соглашался с его доводами. Порой возникала острая полемика. Он не мог допустить, чтобы у слушателей создалось впечатление его согласия с мнением Крау. Офицерами академии были заданы Крау острые вопросы, на которые он не захотел отвечать. Отделываясь шуткой, сказал: «Это выше моего должностного оклада».
Перед отъездом из академии я попросил маршала сфотографироваться со мной на память. Эта фотография постоянно напоминает мне об этом удивительном человеке, который вложил часть духовных и физических сил и в мое становление, оставил неизгладимую борозду на всем моем жизненном пути. Меньше чем через год после посещения академии маршал погиб.
Сергей Федорович Ахромеев был выдающейся личностью. Но есть важная черта, которая отличает маршала С.Ф. Ахромеева от многих военных деятелей. Он был человеком и военачальником высокой чести и достоинства, до конца верным присяге и своему долгу.
Он — государственный человек. Не в смысле его последних должностей, а по своему существу, по собственному пониманию нужд своего Отечества, своего народа. Как личность, в высшей степени незаурядная, он обладал всеми необходимыми качествами военного деятеля, человека, гражданина. Это пытливый, творческий ум, необыкновенное трудолюбие, железная воля, высокое понятие чести, благородства. «Как кадровый офицер, я горд тем, что принес и приношу пользу нашей армии, нашей Родине во время войны и в мирные дни», — говорил Ахромеев в начале 80-х.
В своей служебной деятельности Ахромееву приходилось нередко решать важнейшие государственные вопросы в критических экстремальных условиях. У деятеля такого масштаба не все шло тихо и гладко. Мало кому известно, что он был против ввода войск в Афганистан, куда был потом направлен для оперативного руководства в должности первого заместителя начальника Генерального штаба. В Афганистане, который граничил с СССР, в 1970-х годах был совершен правительственный переворот офицерами, ранее учившимися в советских военных училищах. Они стали учить афганцев социализму, который народ Афганистана не принял. Наши партийные идеологи (Суслов, Пономарев) в Афганистане видели еще одну будущую социалистическую страну, «перепрыгивающую» из феодализма в социализм. Положение в Кабуле было крайне неустойчивым, и новое правительство (Тараки. Амин) обратилось к Косыгина, а затем к Брежневу о присылке советских войск в Афганистан. Просьба была отклонена.
