Поражает, как могли несколько сотен офицеров и поддержавших их горожан на протяжении 16 дней — с 6 по 21 июля — отражать атаки превосходящих сил противника. Не надеясь на своих солдат, руководители красных решили применить «убойный аргумент» для подавления восстания — артиллерию. По городу, как признался в своих воспоминаниях один из лидеров большевиков — Александр Громов, было выпущено 75 тысяч снарядов. В ответ восставшие сделали только 500 выстрелов из двух орудий, которые смогли захватить в первый день восстания. Снаряды у них кончились на второй или третий день, пушки замолчали. Несмотря на это, большевики с каждым днём усиливали артиллерийский обстрел Ярославля.
После ухода Перхурова боевые действия в Ярославле были продолжены под руководством генерала П.П.Карпова. 19 июля красные полностью овладели Тверицами. На следующий день началось их решительное наступление в центр города, и ещё через день, 21 июля, над городом появились белые флаги.
Пытаясь спастись и не попасть в руки красных, штаб перхуровских войск «сдался в плен» находившейся в Ярославле германской военной миссии, которая занималась вопросами отправки немецких военнопленных на родину. Поначалу германская военная миссия объявила перхуровцев своими пленными, но это не помогло. Оставшиеся в живых организаторы и участники мятежа оказались в руках красных.
Продолжавшиеся целых шестнадцать дней кровавые события в Ярославле завершились. Но город после мятежа представлял собой страшную картину. Корреспондент одной из газет, прибывший в Ярославль сразу же после окончания боевых действий, дал следующее описание увиденного: «Былого, красивого Ярославля более нет, — писал он. — Нельзя сказать: нет Ильинской улицы или погибла в огне Владимирская улица. Нужно сказать: погибло всё, кроме куска центра и вокзальной части города. Торчат одинокие трубы домов, куски кирпичных закопчённых стен, остовы обгорелых деревьев. Валяются куски железа, кирпичи, обожжённые чугуны и горшки и прочая домашняя утварь. Пожарная вышка разрушена. На Сенной площади все лари сгорели. Телеграфные столбы свалены и обгорели. В уцелевших домах выбиты все стёкла. Цирк изрешечён снарядом…»
Полностью была разрушена треть Ярославля. 28 тысяч жителей остались без крыши над головой. Сгорело или было разрушено 20 промышленных предприятий, здание Демидовского юридического лицея, Некрасовская библиотека, реальное училище и т. д. Общий материальный ущерб городу составил более 124 млн золотых рублей. В городе долгое время не было водопроводной воды. Начались эпидемии. По-прежнему не хватало продовольствия. Жить в городе было невозможно, и часть ярославцев была вынуждена покинуть его. Население Ярославля к началу осени 1918 года сократилось до 76 тыс. человек, то есть стало меньше на 50 тысяч.
Первые артиллерийские обстрелы Ярославля стали причиной возникновения пожаров в центре города. По воспоминаниям очевидцев, уже ночью с 6 на 7 июля они видели, как «весь город пылал в огне». Большевик Григорий Петровичев, который в первый день восстания уехал в Ростов и вернулся в Ярославль поздно вечером 7 июля, увидел горящий Ярославль. «Московское шоссе освещалось заревом пожаров Спасского монастыря, дома Сочина (угол Московского проспекта и Малой Пролетарской) и справа лицея. На Туговой горе ухало орудие, посылавшее в город снаряды. Ночь была тихая, отсутствие паровозных свистков и суетливой толкотни на шоссе и у вокзала придавало ещё больше тишины. Эхо от выстрелов орудий, ничем не заглушаемое, разносилось далеко по окрестности», — писал он по итогам событий.
Обстрел красной артиллерией района Сенной площади привёл к новым пожарам. В два часа дня уже горели трактир Львова и расположенные рядом дома. Огонь распространялся стремительно, только к ночи уменьшилась его сила, когда пламя уничтожило почти все дома на Большой и Малой Угличских улицах (ныне Свободы и Угличская).
По сведениям из многих источников, 7–8 июля после обстрела красной артиллерией Стрелки, где некоторое время располагалась одна из двух пушек повстанцев, сгорел Демидовский юридический лицей — уникальное учебное заведение дореволюционной России с великолепной, редчайшей библиотекой. За годы существования Демидовского юридического лицея в нём работали известные учёные, профессора: крупнейший в стране специалист в области истории русского права Михаил Владимирский-Буданов, учёный-педагог Константин Ушинский. Выпускниками лицея были революционер Николай Подвойский, писатель-фантаст Александр Беляев, поэт Максим Богданович, видные юристы Илья Гурлянд, Алексей Потехин, Валериан Ширяев и многие другие. Ярославский Демидовский юридический лицей стал настоящей кузницей юристов России. После пожара здание так и не было восстановлено, а в 1924 году его разобрали на кирпич.
